2016年12月30日，“股转系统”发布《关于对失信主体实施联合惩戒措施的监管问答》，进一步明确与挂牌公司等市场主体有关的失信联合惩戒措施。
2016年8月8日，“股转系统”发布《挂牌公司股票发行常见问题解答三》，规范挂牌公司募资管理及融资行为，将对赌监管写入规则。这是“股转系统”首次针对包括对赌协议在内的特殊条款做出明文规定。
2016年9月9日，“股转系统”发布《全国中小企业股份转让系统挂牌业务问答——关于挂牌条件适用若干问题的解答(二)》，推出挂牌准入负面清单管理，同时对挂牌企业的信息披露问题、企业资金占用问题、主办券商等中介机构的执业问题、投资者门槛的准入问题等做出相应的解答。
(五)退市制度落地
为完善市场制度，建立常态化、市场化的摘牌机制，保障市场进退有序、健康发展，2016年10月21日，“股转系统”公布了《全国中小企业股份转让系统挂牌公司股票终止挂牌实施细则(征求意见稿)》，列出新三板公司将被强制摘牌的11种情形：未能披露定期报告；信息披露不可信；重大违法；欺诈挂牌；多次违法违规；持续经营能力存疑；公司治理不健全；无主办券商督导；被依法强制解散；被法院宣告破产；股转系统规定的其他强制终止挂牌的情形。挂牌公司出现这11种情形之一的，将面临强制摘牌。
现有监管政策与措施的评价
纵观2016年全年的监管政策和措施，加强监管、从严监管已经成为新三板的日常性工作，成为常态化的制度安排。
多层次监管法规体系逐步形成
新三板监管的法律规则体系主要有三个层面：第一层是法律法规，包括《公司法》《证券法》等；第二层是规章规范性文件，包括《非上市公众公司管理办法》《收购管理办法》《重大资产重组管理办法》等；第三层是应用规则，主要是“股转系统”颁布的业务规则，包括挂牌、定向发行、交易、转让，以及自律监管、纪律处分等。
2016年制定并实施的《全国中小企业股份转让系统自律监管措施和纪律处分实施办法(试行)》、《全国中小企业股份转让系统挂牌公司分层管理办法》、《全国中小企业股份转让系统挂牌公司股票终止挂牌实施细则(征求意见稿)》等业务规则，在自律监管、分层管理、“转板”及退出机制等方面做出明确规定，完善了新三板监管的业务规则。新三板市场初步形成了由《证券法》、证监会部门规章和行业自律规则组成的自上而下的多层次监管法规体系。
