2016年12月13日，“股转系统”公布10家私募机构进入“股转系统”现场验收环节，其中包括中科招商、浙商创投、同创伟业3家新三板挂牌公司。
2016年9月14日，“股转系统”发布《私募机构全国股转系统做市业务试点专业评审方案》，标志着私募机构做市业务试点工作正式启动。
(三)针对市场交易制度建设
2016年1月22日，证监会新闻发言人强调，新三板是挂牌公司股票公开转让的唯一合法平台。新三板挂牌公司应该严格遵守法律法规，公开披露的信息应该通过“股转系统”指定的平台发布，不能通过任何场外平台公开发布披露信息。
2016年3月17日，“股转系统”发布《全国中小企业股份转让系统转让意向平台管理规定(试行)》。平台为交易用户提供意向信息的修改、发布和查询服务，满足投资者的转让需求，降低转让意向信息的搜寻成本。
2016年5月27日，“股转系统”发布《全国中小企业股份转让系统挂牌公司分层管理办法(试行)》，根据公司治理情况、营业收入、市值等指标设置了三套标准，符合其一即可进入创新层。在共计7639家挂牌公司中，有953家公司入围创新层。分层管理办法列出了创新层的维持标准，规定每年5月最后一个交易周的首个转让日调整挂牌公司所属层级。基础层的挂牌公司符合创新层条件的，调整进入创新层；不符合创新层维持条件的挂牌公司，调整进入基础层。
(四)逐步完善监管制度
2016年4月29日，“股转系统”发布《全国中小企业股份转让系统自律监管措施和纪律处分实施办法(试行)》，自发布之日起施行。自律监管措施和纪律处分的实施对象分别为申请挂牌公司、挂牌公司及其董事、监事、高级管理人员、股东、实际控制人，以及主办券商、会计师事务所、律师事务所、其他证券服务机构及其相关人员、投资者等“股转系统”市场参与人。针对每一类“股转系统”市场参与人发生违反“股转系统”业务规则的行为，都制定了相应的自律监管措施和纪律处分实施办法。
2016年9月8日，“股转系统”发布《全国中小企业股份转让系统挂牌公司董事会秘书任职及资格管理办法(试行)》。针对新三板挂牌公司董秘的任职及资格管理做出专门规定，明确了挂牌公司董秘任职及资格管理的详细要求，并强调，进入创新层的挂牌公司须按照分层管理办法和董秘管理办法的规定设立董事会秘书，董秘须在规定时间内取得资格证书。
