2016年3月15日，“十三五”规划纲要草案中“设立战略性新兴产业板”内容被删除，新三板将成为多层次资本市场体系中更加重要的组成部分。
2016年11月22日，证监会副主席姜洋在第九届中国·武汉金融博览会暨中国中部(湖北)创业投资大会上发言称，证监会将进一步夯实资本市场基础制度，提高服务创新创业的效率。在发展壮大交易所市场的基础上，规范发展新三板，完善挂牌融资、交易和退出机制。
“股转系统”政策
2016年，“股转系统”从政策方面发布了一系列制度，从严监管。开年之初，“股转系统”陆续发布《新三板典型违规违法案例简析》、《莫将“包容”当“纵容”》、《以强有力的市场监管护航新三板》、《执纪问责没有“化外之地”》等文章，明确“股转系统”查处新三板市场违法违规行为的坚决态度，奠定了2016年严加监管的市场基调。
(一)针对主办券商
2016年1月29日，“股转系统”发布《全国中小企业股份转让系统主办券商执业质量评价办法(试行)》。该办法从2016年4月1日起施行，每月发布主办券商执业质量评价报告，对主办券商进行执业质量评价，对主办券商的负面行为进行记录。这意味着新三板的主办券商将被分类评级，其不合规的行为面临扣分。此举将有利于提高主办券商的执业质量，促使主办券商与做市商勤勉尽责。
2016年6月8日，“股转系统”发布《全国中小企业股份转让系统主办券商内核工作指引(试行)》，进一步规范主办券商推荐业务，明确主办券商内核职责及工作要求。对挂牌企业的门槛标准有了明确规定。
2016年9月30日，“股转系统”发布《全国中小企业股份转让系统挂牌业务问答——关于内核工作指引实施若干问题的解答》。
(二)针对私募做市
2016年5月27日，证监会新闻发言人表示，证监会准备开展私募基金管理机构参与新三板做市业务试点。由“股转系统”具体办理私募机构参与试点的备案管理工作，选取机构进行试点。
2016年9月12日，“股转系统”公布私募做市新三板试点的工作进度、私募机构申请条件及37条评分标准。
2016年9月14日，“股转系统”公布《私募机构全国股转系统做市业务试点专业评审方案》。出于控制业务风险考虑，私募做市初期采取试点方式。
