2016年9月20日，国务院发布《关于促进创业投资持续健康发展的若干意见》，指出要进一步完善创业投资退出机制，拓宽创业投资市场化退出渠道。充分发挥主板、创业板、全国中小企业股份转让系统以及区域性股权市场功能，畅通创业投资市场化退出渠道。完善全国中小企业股份转让系统交易机制，改善市场流动性。支持机构间私募产品报价与服务系统、证券公司柜台市场开展直接融资业务。鼓励创业投资以并购重组等方式实现市场化退出，规范发展专业化并购基金。意见还要求对创业投资企业在行业管理、备案登记等方面采取与其他私募基金区别对待的差异化监管政策，建立适应创业投资行业特点的宽市场准入、重事中事后监管的适度而有效的监管体制。加强信息披露和风险揭示，引导创业投资企业建立以实体投资、价值投资和长期投资为导向的合理的投资估值机制。同时，对不进行实业投资、从事上市公司股票交易助推投资泡沫及其他扰乱市场秩序的创业投资企业，建立清查清退制度。
2016年10月10日，国务院公布《关于积极稳妥降低企业杠杆率的意见》，强调加快完善全国中小企业股份转让系统，健全小额、快速、灵活、多元的投融资体制；研究全国中小企业股份转让系统挂牌公司转板创业板的相关制度。
2016年12月19日，国务院发布《“十三五”国家战略性新兴产业发展规划》，积极支持符合条件的战略性新兴产业上市或挂牌融资，推进新三板转板试点被列为规划中的重点任务，建立全国股份转让系统与区域性股权市场合作对接机制。
纵观2016年，国务院对新三板市场的政策暖风频吹，在“大众创业、万众创新”的背景下，新三板作为多层次资本市场体系的重要组成部分，被放在越来越重要的战略地位。新三板作为创新创业的资本平台，为解决中小型企业融资难问题迈出了坚实的步伐。
证监会政策
2015年11月20日，证监会制定并发布《关于进一步推进全国中小企业股份转让系统发展的若干意见》，着力解决当前发展中面临的问题，提出完善措施；又放眼未来，为市场后续创新和长期发展预留了政策空间。明确提出了今后的改革思路，包括推出市场分层管理制度，进行“转板”试点，放开“定增”的投资人限制，以及引入公募基金等。
