在书院发展史上，明朝承前启后，地位也十分重要。在王阳明和湛若水的学说重新结合以后，带着冲破长久压抑的力量，书院得以勃兴，读书种子已经撒向神州边陲和发达省份的穷野之地，这标志着书院的发展进入了成熟的推广阶段。当然，书院输出到朝鲜，也是这个时期的亮点。明代开始，书院走出国门，传到东国朝鲜、东洋日本以及印度尼西亚、新加坡、马来西亚等南洋各国，甚至意大利那不勒斯、美国旧金山等西洋地区，为中华文明的传播和当地文化的发展做出了贡献。
清代以后，朝廷对书院加强管理与控制，使书院的独立性逐渐丧失。书院不再视学术为本分和生命，反而不断强化教育功能，正式的官学也纷纷假以书院名称，许多乡村一级的学校也冠以“书院”的名头，书院文化于此龙蛇混杂。最后，在光绪末年的书院改制转型新式教育运动中，书院渐渐退出历史舞台。
值得一提的是，现代很多人真的对书院误解太深。虽然书院和科举考试如影随形，但是朱熹和很多儒学大家历来都很反对“科举利禄之学”。
“书院并不是为了科举而生，古代书院的初心主要是强调个人的修养和学术修为，培养传道济民的人才。当年朱熹复兴白鹿洞书院的目的，也是为了纠正官学和科举之偏。”中国书院文化研究专家、九江学院教授李宁宁接受记者采访时表示，书院教育的特点是为了培养人的学问和德性，而不是为了应试获取功名。“朱熹他们并不是盲目地反对科举,而是主张先学好儒家义理精髓,再参加科举考试。”
书院应成为优秀传统文化的道场
历史记载了古代书院坚守中华文化立场、传承中华文化基因的丰功伟绩，而定位与管理则决定了书院在今天还能够走多远。
