不仅如此，从“费”到“税”的转变，还有着巨大的制度意义。“收费与收税都是政府的一种财政行为，但有性质上的不同，对于具有税收性质的收费应当转变为税收，这有助于规范政府收入体系和优化财政收入结构。”蔡自力说。
在税收征管方面，排污费改环保税后，征收部门由环保部门改为税务机关，由于环境监测具有相当的专业性，对于税务部门是一个巨大的挑战。“有时候计算一个污染物的数量，光计算公式一页A4纸都写不下。”逸盛大化石化有限公司安全环保处主任战军说。
“环保税以污染物为征税对象，无法直接查账征税，与其他税种有着重大差异。”蔡自力表示，污染物排放具有瞬时性、隐蔽性、流动性的特点，征收环保税对污染物排放监测的专业技术要求较高，离不开环保部门的配合。为此，环保税法科学设定各方责任，确立了“税务征管、企业申报、环保监测、信息共享、协作共治”的全新征管机制。
2017年7月，国家税务总局、环境保护部签署《环境保护税征管协作机制备忘录》，强化部门合作，明确职责分工。财政部、税务总局、环保部随后联合下发通知，要求各地全面做好环境保护税法实施准备工作，明确要求建立地方人民政府领导下的多部门协作机制。
“环保税顺利开征只是迈出了第一步，下一步还要健全问题响应处理机制，及时分类分级研究处理基层落实难题和纳税人意见建议。”刘尚希建议，财税、环保部门要持续跟踪做好改革政策效应分析，特别是在环保税首个申报期和实施半年、一年等重要时间节点，分区域按照纳税人行业、规模、污染物排放类型、污染源划分标准、典型企业类型等，多维度精准分析减排效果，为国家环境治理决策提供支撑，为进一步完善环保税制度体系打牢基础。
