“对撞机项目绝对不是一个纯粹的科学项目，但是科学目标在里面占有一个极其重要的位置，刨除科学目标肯定不可能，必须拿到一流的成果，这个成果的判断不依赖于大众和媒体，也不依赖于顶层领导的评判，而是依赖于科学界，粒子物理学家的判断。”然而，科学界的一些诸如利益等方面的冲突会让判断的真实性存在偏颇，“这就是为什么对撞机项目最终会成为一项政治决定的原因。”
“所以科学上我们要有最纯粹的科学讨论，将对撞机项目的事情说清楚，这也是为什么我们出版了一本又一本的有关科学目标的书籍，我们经得起全世界同行科学家的评判和批评，批评也应保持在专业领域，而非其它方面。在此基础上我们再讨论要不要建设对撞机，这是一个政治决定。”
最后，王贻芳告诉《知识分子》，中国想要提升国际影响力，就必须主导这样的国际合作项目，而非参与，如果其他国家不参与其中，仅中国自己研究，也不能达到提升影响力的政治目标，“如果有三个五个这样的国际合作项目，决策者可以从中挑选，但倘若仅有这一个，那么就做这一个。作为科学家，提供选项是我们的责任。”（知识分子微信号：The-Intellectual））
建造大型对撞机公开争议大事记
2016年8月1日至5日，十余位全球知名的理论物理学家，在由清华大学主办的“2016国际弦理论大会”的讲台上分享了弦理论的研究进展，同时也再一次表明了他们对中国建立下一代高能对撞机的支持。与会专家不乏包括诺贝尔物理学奖得主戴维·格罗斯（David Gross）、菲尔兹奖得主、著名华裔数学家丘成桐以及全球知名弦理论学者、普林斯顿高等研究院教授爱德华·威滕（Edward Witten）等，他们对包括《知识分子》等在场媒体解释了中国建设大型对撞机的必要性，并回应了外界的一些质疑。
2016年8月7日，新华社发表题为《专访：希望在长城入海处建设下一代巨型对撞机——访华裔数学家丘成桐》的文章。丘成桐表示，希望世界上最重要的实验物理项目——巨型对撞机能够落户中国，成为中国基础科学原创性突破的诞生地和“海纳百川”般吸引全球顶尖人才的平台，并阐述了建造大型对撞机对中国和世界的积极意义。而在2015年12月以及2016年初，丘成桐已在媒体进行发声，表达他对于中国兴建大型对撞机的支持。
2016年8月11日至25日期间，《知识分子》向国内外诸多物理学家询问他们对于中国建造大型对撞机的看法，并将一些争议性的问题进行整理，发送至王贻芳所长和华裔数学家丘成桐教授，其中转承了哈佛大学物理系博士王孟源所做题为《高能物理的绝唱》疑问，并提出华裔物理学家杨振宁教授反对中国建造大型对撞机一事，对此征求他们对于反对意见的回复。
2016年8月29日，公众号“老顾谈几何”发表丘成桐署名文章《关于中国建设高能对撞机的几点意见并回答媒体的问题》。文中，丘成桐首先质疑了《高能物理的绝唱》一文的作者王孟源的学术背景，称王的导师“是一个没有再系中升职的助理教授”。
而针对“杨振宁先生反对对撞机落户中国”一事，丘成桐在表达对杨振宁尊敬之情的同时也指出，对杨反对对撞机落户中国一事并不知情。丘成桐还表示，重要科学的创作，都包含中国科学家的贡献在内，不属于某人所有，真理只在反复的推理和实验下，才能得到大家的认同，“所以古希腊哲学家说：吾爱吾师，吾更爱真理”。
2016年8月30日，王孟源在《中国时报》的专栏博客上对丘成桐的意见作出回，在介绍他个人学术背景的同时，也对丘成桐的相关意见进行了反驳。
