直到最近，母体效应还被认为只不过是一种干扰，即遗传研究中的某种环境“误差”来源。但至少，遗传学家确信在大多数物种（包括重要的实验室“模型生物”，如果蝇和小鼠等）中，父亲只能将等位基因传递给它们的后代。然而，近期的研究揭示了许多父体效应的例子，包括小鼠、果蝇和许多其他物种。事实上，在有性生殖的物种中，父体效应可能与母体效应一样普遍。

后代可能受到环境和经验、年龄，以及父母双方基因型的影响。环境因素（如某种毒素或营养物）可能会导致亲代身体发生改变，从而影响后代的发育。正如我们所看到的，身体机能随年龄增长而退化也会影响生殖功能，以及可遗传的非基因因素，从而影响后代的发育。

亲本中某种基因的表达影响后代表型的现象被称为“间接遗传效应”。或许与直觉相反的是，这类效应可以很好地放到非基因遗传的范畴内，因为它们是由非基因因素的传递介导的。例如，在亲本中表达的特定基因可能会影响它们对后代的行为，或者改变种系中其他基因的表观遗传特征，从而影响后代的发育，即使后代并没有遗传该基因。

对小鼠的研究提供了一个间接遗传效应的显著例子。薇姬·纳尔逊（Vicki Nelson）及其同事通过不同的近交系小鼠品系培育出了除Y染色体外在基因上十分相似的雄性小鼠，接着他们提出了一个非常奇怪的问题：雄性的Y染色体是否会影响其雌性后代的表型？任何在高中生物学课堂中保持清醒的人都知道，女儿不会继承父亲的Y染色体。因此，按照经典遗传学的逻辑，父体Y染色体上的基因不会影响其雌性后代。然而，纳尔逊和同事们发现，父体的Y染色体确实会影响雌性后代的多种生理和行为特征。事实上，父体Y染色体对雌性后代的影响程度可以和父体常染色体或X染色体的影响相当，后两者都是雌性后代能继承的。尽管我们还不知道其中的机制，但Y染色体上的基因肯定能以某种方式改变精子的细胞质、精子的表观基因组或精液的组成，使Y染色体上的基因能影响没有遗传这些基因的后代的发育。