陈独秀创办《新青年》之初,即十分自信认为“只要十年、八年的功夫,一定会发生很大的影响”,不承想成功来得比他预想的更快,《青年杂志》最初每期只印1000本;从第1卷第2号开始列出“各埠代派处”,计有49个省市的76家书局;后来越出越好,据汪原放的统计,《新青年》销量最多时“一个月可以印一万五六千本了”(汪原放:《回忆亚东图书馆》)。陈独秀因为《新青年》杂志的成功,也成了“极负盛名”(毛泽东语)的人物,一跃成为中国知识分子的领袖之一。
就在此时,蔡元培正式出任北京大学校长,任命当天(1916年12月26日)早上9点,他就跑到陈独秀出差北京下榻的旅馆与之相晤相谈;同日,蔡元培应信教自由会之邀,在中央公园演讲,陈独秀到会聆听,并以“记者”名义记录为《蔡孑民先生在信教自由会演说》刊载《新青年》第2卷第5号上。可以想象,陈、蔡两位有着过命交情的革命老友此时京城再聚是何等欢欣。与陈独秀同行的汪孟邹在日记里记下这富有历史意义的一幕:“十二月二十六日,早九时,蔡孑民先生来访仲甫,道貌温言,令人起敬,吾国唯一之人物也。”首次见面,蔡元培就“相与商定整顿北大的办法,次第执行”。初晤之后,“蔡先生差不多天天要来看仲甫,有时来得很早,我们还没有起来,他招呼茶房,不要叫醒,只要拿凳子给他坐在房门口等候”——这是汪孟邹回上海后对亚东图书馆同人叙说的京华佳话。汪原放他们听了,感叹道:这很像“三顾茅庐”哩!(汪原放:《回忆亚东图书馆》)
蔡元培之所以一而再、再而三地邀请陈独秀,是因为陈此时根本不想离开上海,心里放不下《新青年》。陈独秀显然更指望用《新青年》主笔的身份来影响全国的思想面貌,而非仅仅做一名大学教授。蔡元培立即劝他:“就把《新青年》搬到北京来办罢。”(沈尹默:《我与北大》,《中华文史选辑》第61辑)既然有此承诺,陈独秀不便再加拒绝,于是答应蔡元培前赴北京大学任文科学长。但陈独秀对北京之旅一开始就是心存疑虑的,他当时对吉益里的邻居岳相如说:“蔡先生约我到北大,帮助他整顿学校。我对蔡先生约定,我从来没有在大学教过书,又没有什么学位头衔,能否胜任,不得而知。我试干三个月,如胜任即继续干下去,如不胜任即回沪。”(石原皋:《陈独秀生平点滴》,《安徽文史资料选辑》1980年第1辑)