清河站第二阶段施工工程量大、时间紧、任务重，下沉广场及主站房、AB附楼位于既有13号线桥梁线位占压位置，工程需从负10米建设至近50米高度，涉及钢结构近5000吨，工程实施面积约2万平方米，均须在地铁13号线拨接完成后开始实施。
车站负二层为昌平南延线、19号支线的轨行区;负一层包括国铁出站、快速进站及地下车库，3条地铁换乘付费区及连接东西广场的城市通廊;地上一层为主站房进站厅及国铁、地铁13号线轨行区，二层为高架候车厅。各区域功能相互连接，实现旅客便捷换乘出行。
据中铁建工集团清河站工程项目相关负责人介绍，拨接施工选择在春节期间，主要是因为地铁13号线是北京市北部地区一条重要的地面轨道交通设施，长期运营压力巨大。根据北京市相关部门针对13号线运营情况的调研结果和将施工对交通运营组织的影响降至最低的目标，拨线转场窗口期仅有春节、“五一”和“十一”假期，尽早在春节期间拨线能为清河站第二阶段施工任务实施争取九个半月的工程建设时间，最大限度确保清河站整体竣工目标的实现。
清河站地处闹市区，施工场地狭小，上下结构复杂，场区东侧紧邻怡美家园等成熟社区，原材料要场外加工，场内倒运，加大了施工组织难度大，且施工分两个阶段，对钢屋盖变形及沉降精度控制要求很高;西侧紧邻地铁13号线和G7高速公路，工期紧张，质量标准要求高，还要确保13号线安全运营，现场施工全覆盖和立体交叉作业挑战性非常大。
目前，既有地铁13号线已成功改线进入站房内运营，如何保障其安全运营，实推进第二阶段施工最重要的任务。清河站项目制定了《13号线转线后施工安全保障方案》，设置整体封闭与隔离设施，确保13号线在清河站运营区域内无高坠物及人员穿行;在13号线穿越清河站区域的700米范围内布置监控设备，并设11名专职人员24小时现场盯控，确保监管和盯控全覆盖、无死角。
同时，第二阶段工程土方开挖、打桩、钢结构吊装，以及金属屋面、外幕墙等的装修工作也同步进行。
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