主要依据两国提出的争议岛礁有效占有的证据，法院认为，马拉西亚的证据更能支持其对诗巴丹岛和利吉丹岛的主权申索。2002年12月17日，国际法院以16票对1票判决这两个岛屿的主权属于马来西亚。
这个案件还有一个小插曲，2001年3月13日，菲律宾请求根据《国际法院规约》第62条的规定参加本案。菲律宾认为，这两个有争议的岛屿的主权应当属于菲律宾。2001年10月23日，法院发布裁定，认为菲律宾无权参加本案。从地理位置上看，诗巴丹岛和利吉丹岛位于马来西亚、印度尼西亚和菲律宾三国交界的位置，菲律宾长期以来对马来西亚的沙巴州存在主权申索，两个岛屿的领土争端并非和菲律宾没有关系。2002年，国际法庭在审理喀麦隆和尼日利亚领土纠纷案时，赤道几内亚认为这案件和自己有关因而请求参加，国际法院同意赤道几内亚的请求。但是，在本案中为什么菲律宾的请求却遭到驳回？考虑到现在南海主权争端的申索者是“五国六方”，如果其中两个南海周边国家将领土纠纷提交国际海洋法庭，而涉及纠纷的海域关系到中国的主权诉求，中国想作为第三方加入两国提交国际法庭的诉讼案中，请求会不会遭到驳回？中国的国家利益和领土主权完整将如何得到保障？
国际社会不了解中国的“历史性权利”
尽管国际法上存在解决边界和领土争端的国际法的一般原则，但是其中充满了太多不确定因素。正是因为这种因素的存在，使得当事国一般不太愿意将边界和领土纠纷的采用国际法庭仲裁的方式解决。因此，对于国际法庭来说，想要吸引国家将更多的边界和领土争议案件提交它们审理，其中一个方面是应当在司法裁判过程中逐步发展出一套确定的和可预见的法律规则。然而，令人遗憾的是，从目前的国际法庭所作出的领土纠纷案件的判决来看，似乎这种确定的和可预见的规则还不是很清楚，充满弹性经常引起混乱。如果法律可以通过磋商和谈判不断被重新诠释，当国际法和政治利益相联系的时候，国际秩序是无法公平和客观地得到全面遵守的。
从上述历史性权利的定义出发，参考这两则国际法庭的审判案例中历史性权利对最后判决的影响，对比分析我们可以发现，中国在南海的主权申索的依据非常充分扎实，合理性与合法性兼有。第一，中国有充分的历史资料证明，南海争议岛屿位于中国的历史性水域之内。第二，中国从古代到现代，一直对南海实施有效的占有和管理。第三，中国对于任何侵犯中国南海主权的行为都不予承认并坚决反对。作为《联合国海洋法公约》缔约国，中国政府在1992年颁布《中华人民共和国凌海及毗连区法》，其中第2条规定：“中华人民共和国的陆地领土包括中华人民共和国陆地领土和内水的一带海域。中华人民共和国的陆地领土包括中国人民共和国大陆及其沿海岛屿、台湾及其包括钓鱼岛在内的附属各岛、澎湖列岛、东沙群岛、西沙群岛、南沙群岛以及其他一切属于中国人民共和国的岛屿。中华人民共和国领海基线向陆地一侧的水域为中华人民共和国的内水。”1998年6月26日，中国全国人大常务委员会通过《中华人民共和国专属经济区和大陆架法》，其中第14条规定：“本法的规定不影响中华人民共和国享有的历史性权利”。 在中国享有充分的历史性权利情况下，个别域外大国不考虑中国的国内立法，企图以菲律宾仲裁案为抓手造势，把中国描黑为《联合国海洋法公约》缔约国但不守法的形象，那就显得别有用心了。历史性权利既然是《联合国海洋法公约》中存在的权利，并且已有大量司法案例，中国的合理主张就必须得到充分的考虑和尊重。
