仲裁庭在审查了两国的主张和提出法理依据后认为，两国的观点都是基于历史所有权或继承。“毫无疑问，历史性所有权的概念对于当今世界可以存在的情势具有特殊影响。”“对那些不被主张为历史性水域范围之内的无人居住的岛屿而言，存在着不同的情况。”因此，“对于本案任何一方都没有形成具有以下效力的权利主张，即争议岛屿位于期历史性水域之内”。
1998年10月，仲裁法院公布第一份仲裁决议书，主要内容包括各个争议岛屿的主权归属和捕鱼传统。也门拥有主权的岛屿包括，祖卡•哈尼什群岛的岛屿、小岛、暗礁及低潮高地，包括但不限于三角岩、帕金岩、岩岛、皮恩礁等礁岩，乔礁、大哈尼什、皮基岛、穆沙基拉、阿达尔•阿里岛等岛礁。厄立特里亚则拥有默哈巴卡群岛的岛屿、小岛、暗礁和低潮高地的主权，但不包括萨叶岛、哈比尔岛、平岛和高岛。还有海克科群岛的岛屿、小岛、暗礁和低潮高地的主权，包括但不限于东北海克科、中海克科、南海克科以及西南海克科。
裁决也门承担永久保持该地区的传统捕鱼体制，包括厄立特里亚和也门两国渔民自由地进入和享有属于也门主权的传统捕鱼海域。“在许多世纪存在有关红海南部海洋渔业资源的传统性所提供的条件，其作为从红海一边至另一边的无限制交通手段所发挥的作用，以及两岸人民对这些岛屿的共同使用，均能够成为创设某些’历史性权利’的重要因素，所创设的权利通过一个历史性巩固过程作为一种不具有领土主权的’国际地役’而有利于当事双方。这些历史性权利提供了足够的法理基础，以维持存在了几个世纪的有利于红海两岸人民的共有物的若干方面”。
在第二份仲裁书的核心内容是争议海域的疆界划分。关于海域划界，也门和厄立特里亚都主张采取一条国际中间线，但两国的依据有所不同，关键是划分海域的基点不同。但是仲裁庭认为，也门和厄立特里亚各自提出的划界标准都忽视了对方岛屿的权益，因此均不予以采纳。仲裁庭的裁决是，两国的海域划分基点是两国大陆海岸及其岛屿的低水线，因此分化的中间线为到基点的等距离线。
这个案例表明，首先，仲裁庭虽然承认在国际法上存在历史性权利，但是裁决的主要依据是“实际和有效占有”。其次，国际仲裁并不能彻底解决两国主权纠纷，国际法庭在捕鱼区域及许可方面模糊的解释，为日后两国的摩擦冲突留下隐患。判决书只规定了两国渔民都有自由进入和裁决给也门的海域，但也门渔民进入厄立特里亚海域捕鱼，特别是位于西南岩礁等双方重叠的海域必将引起争议。最后，值得一提的是仲裁案的后续影响。同一时期，也门也和沙特阿拉伯也存在领土纠纷。在也门将与厄立特里亚的纠纷提交国际仲裁后，也着手解决和沙特之间的领土争议，两国通过外交谈判而非国际仲裁作为解决手段。这一点非常值得思考，也门对通过国际法庭仲裁解决领土纠纷的有效性和合理性存在质疑。
中国需警惕国际法庭诉讼案中主权受侵害
案例二：马来西亚和印度尼西亚关于诗巴丹岛和利吉丹岛的领土争端，这个案例在一定程度上涉及历史性权利。除了中国和南海周边国家存在领土争端外，东南亚国家之间也存在大量的领土争端案例。诗巴丹岛和利吉丹岛是位于加里曼丹岛以东海域的两座岛屿，没有常住居民，偶尔有渔民路过使用。但随着这一片海域探明存在丰富的油气资源之后，两座岛屿的主权争端开始升级。1997年5月31日，马来西亚和印度尼西亚两国达成协议，决定将诗巴丹岛和利吉丹岛的主权争端提交国际法庭仲裁。这是东南亚国家间第二次采取国际仲裁方式解决领土纠纷，第一次的案例是1961年国际仲裁庭对泰国和柬埔寨关于隆端寺争端的判决。
