二是专项转移支付退出机制还不健全。财政部上报2016年专项转移支付有94个，其中84个未明确实施期限或退出条件，已明确期限的10个中有的未按期退出。清理整合也不到位，94个专项转移支付执行中实际细分为279个具体事项，部分专项整合后仍按原渠道、原办法分配和管理。
三是有些专项资金安排交叉重叠。部门层面，财政部、发展改革委在其管理的专项转移支付中，设立水污染防治等4个相同或类似专项，分别安排预算276.8亿元、80.7亿元。部门内部司局层面，发展改革委投资司、农经司在不同专项中同时安排林区、垦区配套基础设施投资补助，地区司、环资司同时安排污水和垃圾处理设施建设补助。
四是有些专项转移支付管理不够严格。在94个专项转移支付中，有27个专项年初预算2023.11亿元全部未细化到地区，有29个专项预算全部未提前下达地方，有37个提前下达的比例也未达70%。有的专项分配不够规范，财政部分配就业补助等3个专项的674.29亿元预算时，未严格执行因素法等要求；发展改革委分配国有工矿棚户区改造等4个专项时，存在同一地区适用不同区域补贴政策等情况。
（三）财税领域部分事项改革亟待深化。
一是营改增相关配套措施还不够完善。全面推开营改增试点对减轻企业负担、增强市场活力发挥了积极作用，但一些配套措施还不够完善，如随着增值税可抵扣范围扩大，有的行业或企业出现增值税进项与销项税率倒挂，导致新增进项留抵税额超过销项税额，从而占压企业资金；由于向个人采购难以获得增值税专用发票，一些企业无法实现税款抵扣；对旨在减轻建筑施工企业税负的简易计税优惠政策，往往会造成业主单位可供抵扣进项税减少，执行中难以全面落实。
二是政府购买服务改革部分措施不到位。此项改革2014年即已启动，但至2017年4月底，中央部门政府购买服务指导性目录尚未出台；抽查的73家中央单位有44家未在预决算中反映政府购买服务情况；大多数省[*本报告对省级行政区统称为省，地市级行政区统称为市，县区级行政区统称为县。]*仅出台本级的指导性目录。
三是预算评审及绩效管理工作力度有待加强。中央部门项目支出预算评审覆盖面小，对2016年追加预算2381.21亿元涉及的2048个项目，财政部评审了661个（预算203.48亿元）。专项转移支付绩效管理方面，有68个专项的绩效目标未与预算同时下达；评价范围也偏小，实际仅评价14个专项。
