（一）部分预算分配和管理还不够规范。
一是部分项目预算安排未充分考虑上年执行情况。在财政部代编的预算中，对中央节能支出等上年执行率不足30%的6个项目，2016年仍安排预算27.45亿元、执行率仍不足30%，其中2个项目预算连续两年未执行。批复的部门预算中，对50个部门5696个项目的结转结余434.86亿元，有46%未统筹纳入年初预算安排，其中16个项目结转结余7.24亿元全部未纳入；在14个部门24个项目结转41.94亿元的情况下，继续安排74.85亿元，年底结转增至53.8亿元。
二是部分预算安排方式与政策要求和实际情况不完全相符。有的直接投向了竞争性领域，其中财政部将文化产业发展专项21.17亿元、发展改革委将物流业转型升级专项2.5亿元直接投向了竞争性领域的781个项目。有的预算安排时项目尚未确定或不具备实施条件等，财政部批复10个部门的14个项目预算12.02亿元，由此当年仅执行1%；对5个已确定实施部门的项目，财政部仍代编预算62.17亿元。
三是有些预算收支在一般公共预算、政府性基金预算、国有资本经营预算中的归属还不够明确、安排不够合理。收入方面，对金融企业上缴收益，财政部在一般公共预算和国有资本经营预算中，分别列入627.42亿元、103.04亿元；支出方面，对大中型水库移民后期扶持专项，在一般公共预算和政府性基金预算中，分别安排36.4亿元、239.42亿元；在国有资本经营预算中，超范围安排1.86亿元，用于支付政府投资基金股息。
四是部分中央基建投资安排不规范、项目推进慢。发展改革委安排的中央基建投资中，有23.25亿元（涉及22个项目）存在重复申报、前期工作不完备等问题；有153.68亿元未按规定在全国人大批准后90日内下达；有115.4亿元对地方的基建投资，执行中被调整为中央本级支出。同时，发展改革委下达基建投资计划与财政部据以下达预算指标的间隔较长，2016年平均为52天，影响项目及时推进。抽查重大项目实施情况发现，至2016年底，有188个项目应开工未开工、244个逾期未完工、5个无法实施，导致中央基建投资58.47亿元（占安排投资总额的51%）闲置。
（二）转移支付管理还不完全适应改革要求。
一是一般性转移支付与专项转移支付界限还不够明晰。一般性转移支付的7大类90个子项中，有66个具有指定用途，安排预算总额比上年增长13%；体制结算补助和固定数额补助中有76%指定了用途。对专项转移支付的认定也缺乏明确标准，如发展改革委负责分配的中央基建投资，2016年对地方转移支付预算3776亿元，执行中细分为84个子项、涉及19个类级科目，按72个具体办法分配，但长期作为1个专项转移支付管理。
