“加州大学模式”
起初，北大深研院下设的专业都是本部院系的延伸，比如，光华管理学院的金融学硕士、法学院的法学硕士以及一些理工科专业，在本部统一招生后，划拨一部分排名靠后的学生录取到深研院来。
海闻来深圳后不久，在校园里遇到一个曾在本部上过他的课的学生，他就问，“你怎么跑这儿来了？”学生笑笑说，“分不够呗！”学生无奈的表情触动了他，他觉得，这样做是对学生的不负责任。同时，他又感到，深研院的硬件设施不错，比他刚回国创办北大中国经济研究中心时的条件已经好了很多，而深圳这个中国经济最活跃的地方，应该拥有一所一流的商学院。
对于如何办深研院，海闻有一个大胆的想法。在美国加州大学多个分校都学习和工作过的他认为，北大深研院应该走类似于加州大学的模式，即深研院的院系不能是本部院系下面的二级学院，必须是独立的院系。否则，“同一品牌、同一水准”的办学口号就永远实现不了。北大的各院系在深圳办分院，别说要超越本部学院，实际上连本部的水平都不可能达到。
2005年，海闻以北大副校长的身份出任北大深研院常务副院长；2008年，升任深研院院长。他先创立了一个独立于北大光华和经济学院的商学院，自己同时兼任商学院院长。为办好商学院，他从国外聘请名师前来授课，并与香港大学金融系合作，目标是培养有经济学理论功底的金融人才。
2008年，商学院的第一届毕业生平均起薪18.5万，在国内一炮打响。同年，英国汇丰银行捐赠1.5亿元人民币，支持商学院办学，北大深圳商学院被冠名为北京大学汇丰商学院。
起初，学院只能“捡漏”式招生，即在过了北大分数线但没考上光华和经院的学生里调剂。到了2009年以后，商学院就不再接受调剂，录取分数线已经超过了北大本部的一些院系。“我们现在已经跻身全国最好的商学院之列。”海闻颇为自豪地说。
随即，海闻又创办了国际法学院，聘请美国康奈尔大学原校长担任法学院院长，并重整理工科院系。在海闻给北大深研院定下的16字办学方针里，“交叉学科”得到了最充分的体现。
比如，全军民所在的化学生物学与生物技术学院，综合了化学基因组学、生物学、转化医学等多个学科，以研发新药为导向；汇丰商学院融合了经济和金融两个学科；而城市规划与设计学院则实现了文理交叉。这些都是在北大本部已经固化的教学体系下难以实现的。
