海闻刚来深研院那两年，正是深圳大学城发展的低谷期。尽管深圳市并未缩减对大学城的经费支持，但是整个社会舆论都对大学城非常不利。海闻在参加深圳南山区“两会”的时候，就有本地代表委员当着他的面说，“大学城就是一个鬼城”“外来的和尚也不一定能念好经”。海闻回忆说，“当时，深圳方面就觉得，是你们不好好干，没有把学校办好。”
即使庆幸自己的选择，赵峰也有吐槽，“如果要说这里有什么缺点，那就是学费太贵了！”和国内普通法硕3年6万元人民币的学费相比，国际法学院的学费竟高达4年24万。对此，海闻坦承，由于是国际项目，国际法学院收这样高的学费也是迫不得已。而学费高的原因，是北大深研院长期办学经费紧张。
根据协议，深圳市政府实行所谓“差额拨款”，承担45.5%的生均经费，剩下部分由学校承担。但实际上，由于种种原因，北大从来就没有出过钱。不仅北大如此，大学城里的另两家研究生院也是如此遭遇。
为解决困境，海闻想出了赚钱的路子：在汇丰商学院举办收费高昂的MBA和EMBA项目。“一到周末，汇丰商学院门口就停满了各种牌子的豪车，还经常堵车，都是深圳本地的老板来上课。”吴惠琼说。海闻此举收效显著。在这些项目的支持下，汇丰商学院不仅能够自给自足，还能够补贴北大深研院的其他院系。
“我们在夹缝中努力地生存。”海闻在接受《中国新闻周刊》采访时说。在卸任北大深研院院长之后，他留任汇丰商学院院长一职。卸任时他发表了一场演讲，指出北大深研院仍存在的四大问题，其中经费问题位列第一。他说，尽管自己通过亲自抓培训和各种渠道筹资，才保证了这些年预算基本平衡，但显然这种状况并不可持续。“因为深研院规模较小，人均的固定成本就高。其次，由于远离北京主校区，要想吸引与本部相同水平的学生与老师，就要提供更好的待遇，付出更高的成本。”
在创建初期，深圳市的拨款尚可以覆盖深研院的运行费用，且还有一定优势。全军民记得，那时候，招聘一名老师的年薪是30万元人民币，这在21世纪初的人才市场上还是很有竞争力的，但十几年过去了，教师的工资基本没涨。一名“青年千人”在深研院只能拿到三四十万年薪，如果去了南科大，启动年薪能高达六七十万，还能分到租金很低的房子。最近几年，深研院就有好几位教师被南科大、深大挖走。
