如果说北大、清华两校深研院是深圳市的“女婿”的话，那么，深圳大学与南方科技大学就是深圳市的“亲儿子”，获得了当地财政的鼎力支持。2017年，既非“985”也非“211”序列的深圳大学的预算总收入高达45亿元，即使与教育部直属的75所大学相比，它也能排到第29名；实际办学还不到5年时间的南科大，总预算也有近23亿元。相比之下，体量跟南科大差不多的北大深研院，2017年的预算收入只有4.5亿元，可谓天壤之别。
由于有了充足的财力支撑，定位为研究型大学的南科大，成了北大深研院在当地有力的竞争对手。全军民说，在他所在的化学领域，在2014年之前，他们院发表的高水平论文数，占深圳发表论文总量的三分之二，远远领先于第二名。但南科大成立后，就迅速占据了第二名的位置，并且与他们的差距正在逐渐缩小。“最近，南科大又在计划购买5000万元一台的冷冻电镜，而我们做个冷冻电镜实验还得去清华排队。照这个势头发展下去，南科大迟早会超过我们，因为他们的条件实在比我们好太多了。”
为了解决自身发展遇到的困境，2006年，深圳大学城管委会邀请马陆亭来作调研。马陆亭发现，对于如何办学，深圳市和大学两方面存在一定的认识错位：深圳方面总希望大学城能更多地为当地服务，而学校则认为地方不懂教育，而且对于涉及到影响自身品牌的问题非常敏感。
一个最明显的例子是，深圳市有人问：既然三家名校的研究生院开在了家门口，那么我们读你们的研究生是不是更容易？能不能过了国家线就录取？
对此，马陆亭说，深圳市应当有这个胸襟：既然想建世界一流大学，就要按高等教育的规律来办事。而对于大学来说，在坚守学术水准的同时，也应当注意结合所在区域的特点。“你在深圳办学，跟在北京办学毕竟是不一样的。斯坦福大学就推动了硅谷的建设，深圳大学城也应当照这样的目标来办学。”
吴惠琼则解释说，大学城在发展初期没有惊艳的成绩，这个过程也有客观必然性。三校的老师刚从本部“移植”过来，还需要时间适应环境、重新寻找课题，从头开始研究，这需要一个过程。
“深圳人就是对速度太在意了！因为深圳其他领域都发展得太快了，日新月异，其实高等教育也发展得很快，但一和其他领域比较起来，就显得好像慢了。然而，办大学不像盖房子或者抓高考升学率，能立竿见影马上见效。”吴惠琼感叹说。
