2006年，第一年实施自行纳税申报，工作进展得并不顺利。国家税务总局所得税司原司长孙瑞标在2007年的一次会议上披露，在申报工作前预计将有500万申报人，但申报期结束后，申报的人数只有163万人。
按照中国人民大学财政金融学院财政系教授安体富当年接受媒体采访时透露的数据，截至2006年底，全国各级地方税务机关已为2000多万个人所得税纳税人建立了纳税档案。粗略计算，当年全国个税申报人数比例约为8%。
但是在4年后，纳税申报人数却迅猛增加。国家税务总局有关负责人在2010年5月答记者问时表示，截至2010年3月31日申报期结束，全国共有268.9万人到税务机关办理2009年度个人所得税自行纳税申报，与2009年同期相比，申报人数增加28万人，增长12%。4年时间增加了近100万人，平均每年增加25万人。
关于全国个税申报的相关数据，据湖北省地税局原局长许建国主编的《中国个人所得税改革研究》一书中介绍，自从2006年开始实行个税申报制度至2016年初，个税申报人数从未超过所有纳税人数的5%。
福建厦门的申报数据似乎印证了许建国的判断。据《海西晨报》报道，2015年，厦门年所得12万元以上个人自行纳税申报的有8.6万人（包括4614名外国人），而厦门当年申报个人所得税有412.4万人。如此算来，年收入超过12万元的申报人数占申报个税总人数的比例仅为2.1%。
如果个税申报人数真的从未超过所有纳税人数的5%，除了加大惩罚力度，接下来，还要在征管上尤其是把控个人收入来源上做文章。
