《起诉意见书》显示，认定上述犯罪实施的证据包括：犯罪嫌疑人的供述材料、受害人玄某某陈述材料、现场勘查笔录、视听资料、受害人住院病例、法医鉴定以及死亡证明等。
2008年4月28日晚，杜勇被关进了济南市看守所。
被“挂”
进入看守所以后不久，杜勇就开始翻供。办案警官拿着相关的材料让他签字，他拒绝了。检察院接收后对他提审时，杜勇反映了自己遭到刑讯逼供的情况。
此后的五年半，杜勇既没有等到自己的一纸判决书，也没有等到撤诉或者不起诉决定，他的案子被“挂”起来了。
从相关的材料中，能大体看出这个案件的办案流程。
2008年5月22日，即杜勇被移交济南公安局市中区分局33天后，济南市市中区检察院对杜勇作出批捕决定。
2008年7月10日，济南市市中区公安局侦查终结，以杜勇涉嫌故意杀人罪移送市中区检察院审查起诉。此时，杜勇被移交济南警方82天。
2008年8月15日，市中区检察院将该案报送济南市检察院审查。济南市检察院以证据不足为由，由市中区检察院将案卷退回公安机关进行补充侦查。
一直为这个案子奔波的杜勇的表哥施先生，曾在2009年1月份去济南市检察院询问案件进展，得到的回复是，该案已经两次退回公安机关补充侦查，案卷当时在公安机关。
施去济南市公安局市中区分局了解情况，得到的答复是，由于案情复杂，要等待上级的指示。
此后，施先生又多次去警方询问案件的进展，得到的答复大同小异：案子正在处理，程序尚未走完，需要请示上级。
施先生有时候感觉很恼火：“有罪的赶紧判，没罪的赶紧放出来，一直没有答复。拖着都难受。”
《刑事诉讼法》第一百六十九条规定，人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。
另据《刑事诉讼法》第一百七十一条规定，对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送检察院后，检察院重新计算审查起诉期限。
经过计算可知，包括两次补充侦查的时间，检察院的审查起诉期限最长可达六个半月，即第一次的一个半月，加上两次补充侦查的两个月，再加上两次补充侦查后重新计算的三个月。
杜勇一案，济南公安局市中区分局侦查终结，将案卷移交给市中区检察院的时间是2008年7月10日。按此计算，市中区检察院最迟做出决定的时间，是2009年1月25日。
检察院对案卷进行审查后，如果认为证据充分，则向法院提起诉讼，如果认为证据不足，应当做出不起诉的决定。
鉴定
从2009年4月起，杜勇开始向看守所的负责人和驻所检察官反映超期羁押的问题。
最初，看守所的办案人员对杜勇表示，他的情况已经向上级反映，让他耐心等待。到了9月份左右，杜勇再找驻所检察官了解进展时，对方要求他做一个精神病鉴定。
8个月前，济南市检察院一位检察官在见杜勇时，曾向他建议做一份精神病鉴定，被杜勇拒绝。此后，检察院和警方又多次要求杜勇做精神病鉴定，都被拒绝。
杜勇纳闷，自己好好的，为什么要被建议做一个精神病鉴定？后来他了解了相关的法律后，渐渐看出了一些门道。
