在“三疑三探”火速推广的过程中，质疑开始出现。
新的教学方法中，考试与作业变少，课堂变得活跃，一些家长开始担忧孩子成绩受影响。
家长们私下的议论慢慢变得公开。百度“涿鹿”贴吧成为家长的主要发声渠道。2015年6、7月份，质疑“三姨太”的帖子在涿鹿吧集中涌现。
“三姨太”是家长们给“三疑三探”模式起的外号。
在质疑者中，以网民“江湖郎中金猴”最为活跃。2015年6月6日，江湖郎中金猴发表帖子《三疑三探，教学创新还是误人子弟？》，引起一波网民的讨论。
帖子质疑，这样涉及全县的教改是否应该进行家长听证？减少考试与排名，如何掌握学生的成绩？学生真实反映是什么？
帖子建议，应该让教师自主选择教学方式，最后通过学生的成绩对比，来比较不同教学方式间的优劣。
网上的讨论也引起教科局的注意，并发帖回应。
2015年6月19日，涿鹿县教科局发帖称，任何不理解“三疑三探”者，只要提前预约，可以到任何一间学校的教室进行旁听。在帖子的最后，教科局称：“江湖郎中金猴若对西峡教学成绩及三疑三探教学效果存疑，可亲自去西峡考察，我局将为你报销往返车票并给予误工补贴。”
6月25日，涿鹿县教科局在涿鹿希望中学安排社会公开课，邀请家长进行旁听。
但以上举措并没有打消家长们的疑虑。
7月15日，郝金伦在涿鹿县实验小学操场，举办了2000人的交流会，向家长宣传“三疑三探”。
“家长们跟郝金伦展开了辩论，气氛非常不友好。”一位参加交流会的家长说，郝金伦原本打算向家长们介绍三疑三探的优点。但是在讲的过程中，不断有家长站起来打断，向郝金伦质问。
“质疑他为什么要拿我们的孩子做试验。减少作业与考试，孩子的成绩如何保证等。”参会的家长说，最后谁也说服不了谁，交流会持续一个多小时就不欢而散。
这次交流会后，郝金伦选择了妥协。7月31日，涿鹿县实验小学的家长陆续收到学校发来的短信：“为充分尊重广大家长和学生的意愿……恢复原有课堂教学模式。”
涿鹿县教科局副局长许世民告诉新京报记者，当时教科局决定，涿鹿县实验小学和涿鹿县初级中学，停止实施“三疑三探”。但对其他学校，还要求必须按照“疑探”模式教学。
尽管郝金伦做了妥协，但家长们的情绪仍未平息。今年7月4日，家长要上街的消息已经在涿鹿县传开。
涿鹿县教科局当天紧急出台一份文件。在这份名为《涿鹿县教育和科学技术局致广大家长一封信》的文件中，涿鹿县教科局承诺：“从下学期开始，教科局将给部分学校充分办学自主权。各学校自主选择、确定何种教学模式，教科局不干涉。家长可自由选择教学模式。”
但一切都太迟了。第二天的群体性事件，彻底将涿鹿县“三疑三探”改革停止。
反思
“我们进行了反思，之所以出现这样的情况，我们认为还是工作方式方法上太急躁了。”涿鹿县教科局副局长许世民说，“必须要承认，教育是有规律的。”
其实，涿鹿县有自己原创的教育模式。
2008年，涿鹿中学陷入发展瓶颈：骨干教师流失，生源质量逐年下降，高考成绩平平。根据涿鹿中学文件记载，当时课堂普遍死气沉沉，学习效率低下。
当年，彭广森就任涿鹿中学校长。2009年，彭广森带领一批教师先后去了杜郎口中学、昌乐二中等20多所全国课改名校学习经验。
“当年涿鹿中学决定以昌乐二中为样板，结合学校实际情况，分阶段推行高效课堂。”涿鹿县教科局副局长许世民说。
