西溪湿地综合保护工程启动之初，有不少热心市民提出，湿地有独特的生态系统，和西湖等传统的景区公园不一样，所以需要专业的规划、设计、施工。作为第一个国家湿地公园，杭州在保护工程的专业性上做出了不少努力。河道、鱼塘必须是斜坡堆土，让各种生物有生长繁殖的环境；堤塘边打下柳树桩，原来施工时考虑松木在水里不会腐烂，准备用松木桩护堤，但是本地村民提出，松木是死桩，不能生根发芽，而柳树桩是活桩，会生根发芽，在堤岸上盘根错节，裨益丰富生态；草皮也必须是原生态的，西湖边那种所谓的高级草皮和这里的野生状态是两码事；污水直排被淘汰，管网配置到角角落落；对原生态保护区以及生态恢复区只将部分封闭小面积水体连通，利于物种自由交流，吸引水鸟栖息；保留和恢复作为次生湿地标志的鱼塘达383个，原有的柿子树一棵都没少。在湿地保护过程中，这样的例子很多，群众性和专业性、科学性和民主性在西溪湿地的规划实施中得到了体现。

围绕西溪湿地是“完全保护”还是“也要利用”，曾经出现了一些讨论。杭州始终把生态保护牢牢摆在第一位，尽最大努力保持湿地生态和水环境，在此基础上发挥科研、教育、观光功能。为加强生态保护，在湿地一期工程内设置了费家搪、虾龙滩、朝天暮漾、包家埭和合建港五大生态保护区和生态恢复区。入口处设湿地科普展示馆，园区内设多处观鸟区，群鸟飞翔，人景相融。杭州在湿地保护的科技含量上下了很大功夫。定位世界最高水准，由国际知名的建筑事务所竞标打造湿地科普研究展示平台。最终建筑大师矶崎新（于2019年获普利兹克奖）的设计方案中标，建成了造型独特、寓意深远的西溪湿地博物馆，充分展示湿地生态多样性及悠久人文历史，以强烈的视觉冲击力成为重要地标。

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