但在后来的判决中，法院认定霍勇实施了从1996年春到1998年8月间的6起侵害女性罪行。霍勇被判处死刑后，已被枪决。霍勇的出现，让周远的母亲李碧贞坚信作案者并非周远，遂向当地警方和法院申请重审。1999年4月8日，伊宁中院做出第二次判决，死缓改判无期，周远不服再次提起上诉。1999年5月12日，新疆高院以事实不清、证据不足为由，将案件发回重审。2000年11月9日，新疆高院终审判决周远无期徒刑，将认定的犯罪事实由七起改为五起。

此后，李碧贞一直为儿子的案件申诉，2011年12月，周远案被提起再审，但再审依然认定周远故意伤害罪、强制猥亵妇女罪成立，但量刑由无期徒刑改为十五年有期徒刑，此时距其期满已不足半年。周远的另一名代理律师刘征告诉澎湃新闻，周远案从一审到第一次再审，由于证据不足，认定的犯罪事实，从7起案件减少到5起，最后逐步递减到2起。2012年5月，周远刑满释放后，开始与母亲不停申诉。

2013年7月18日，最高法指令新疆高院重新审查此案。2016年11月18日，最高法作出再审决定书，再审决定书显示，最高法经审查认为，新疆高院2011年以故意伤害罪和强制猥亵妇女罪，判处周远有期徒刑15年的再审判决“据以定罪量刑的证据不确实、不充分”。2017年8月25日，新疆高院对周远案进行了开庭审理。刘征说，在审理当天，检察机关也曾表示这个案件事实不清证据不足。11月30日，新疆高院再审改判周远无罪。