再是社会学中国化的实践。吴文藻认为“以试用假设始，以实地证验终，理论符合事实，事实启发理论;必须理论和事实糅合在一起，获得一种新综合，而后现实的社会学才能根植于中国土壤之上。他主张把社会学的理论和方法与文化人类学或社会人类学结合起来，对中国进行社区研究，并认为这种做法与中国国情最为吻合，是社会学中国化的一条重要途径。
吴文藻倡导的“社区研究”，就是要对中国的国情“大家用同一区位或文化的观点和方法，来分头进行各种地域不同的社区研究”，“民族学家考察边疆的部落或社区，或殖民社区;农村社会学家则考察内地的农村社区，或移民社区;都市社会学家则考察沿海或沿江的都市社区。或专作模型调查，即静态的社区研究，以了解社会结构;或专作变异调查，即动态的社区研究，以了解社会历程;甚或对于静态与动态两种情况同时并进，以了解社会组织与变迁的整体”。
1937年七七事变后，抗日战争全面爆发。燕京大学作为教会学校，虽暂时未受影响，但吴文藻一家无法在北平继续亡国奴的生活。吴文藻受聘云南大学并建立起社会学系，担任系主任，同年又受燕京大学的委托，成立了燕大和云大合作的“实地调查工作站”，吴文藻离开后由费孝通主持工作，在社会学史上留下了著名的“魁阁精神”。
1940年吴文藻到重庆国防最高委员会参事室工作，对边疆民族的宗教和教育问题进行研究，参加了对西北边疆的实地考察。早在1933年他曾经到内蒙古调查，撰写了《蒙古包》一文。各民族团结抗战，让他更深刻认识到民族与国家的重要关系。他提出“边政学”这一概念，并撰写长文《边政学发凡》，指出：“所谓的边疆现代化，就是对于边疆文化，因势利导，使之与中原文化混合为一，完成一个中华民族文化，造就一个现代化的中华民族国家”。
开风气育人才
吴文藻不仅是一位著名的社会学、人类学家、民族学家，更是一位十分出色的教育家。吴文藻认为一个学科的发展，只靠少数人的努力不行，只有造就大批的人才，才能取得重大的成就。在吴文藻主持燕京大学社会学系工作期间，他为中国的社会学和人类学事业培育了第一批人才。吴先生门下的“四大弟子”，即费孝通、林耀华、黄迪、瞿同祖，他抗战时期在昆明和成都培养的一大批学者，都在学术上作出了突出的成就。
《开风气，育人才》一文，是费孝通1995年北京大学社会学所成立10周年时的讲话，他强调这次会议同时是纪念吴文藻老师逝世10周年。“这两件值得纪念的事并不是巧合，而正是一条江水流程上的汇合点。这条江水就是中国社会学人类学民族学的流程，北大社会学研究所的成立和后来改名为北大社会学人类学研究所，还有吴文藻老师一生的学术事业都是这一条江水的构成部分，值得我们同饮这江水的人在此驻足溯源，回忆反思。”费孝通深情地回忆了在燕京大学社会学系的学习生涯，是吴文藻将一批优秀青年带入社会学的学科领域，让他们树立起“从认识中国到改造中国”的社会责任。
费孝通1930年从苏州东吴大学医预科转学到燕京大学社会学系，第一个震撼就是留洋归来的吴文藻，用汉语给他们讲授《西洋社会思想史》。吴文藻深知社会学中国化是一个庞大的系统工程，十分重视发现和培养人才。他很看重牛津大学的导师制，想为中国培养“通才”式学者。1938年他聘请牛津大学的林迈可和戴德华来系协助，打破院系界限，从各系优秀学生中选择了8人受4位导师分别培养。导师制虽因抗战烽火未能继续，但亲密的师生关系，成为吴门的传统。
