“以学术研究为祖国服务”是吴文藻留学的信念。他如饥似渴地吸收西方的学术思想，力求将学术研究与祖国需要相联系。仅仅在哥大学习一年以后，1926年吴文藻就以《孙逸仙的三民主义学说》的毕业论文获得硕士学位。同年，他还发表了《民族与国家》，这是吴文藻第一篇重磅学术论文，“民族者，里也，国家者，表也。民族精神，实赖国家组织以保存而发扬之”。他试图将东西方的学术概念糅和在一起来认识和解读中国的社会与文化，这反映了他宏大的学术抱负和学术视野。
两年后的1928年冬，吴文藻撰写了《见于英国舆论与行动中的中国鸦片问题》的毕业论文，次年获得社会学博士学位，并荣获哥大颁发的“最近十年内最优秀的外国留学生”奖状。吴文藻决心选择社会学和人类学为终身专业，想通过对中国社会的深入研究，提出改变中国社会落后状态的合适方案。正是在这一信念的支持下，吴文藻在博士学位尚未公布的情况下，于1929年2月回到了祖国。
清华大学和燕京大学同时聘请吴文藻当教员。吴文藻因为深爱的冰心，选择了燕京大学，答应同时为清华兼课。
推动社会学中国化
社会学是在上个世纪初传入中国的舶来品，最早在燕京大学等教会学校展开。教师、教材、教法甚至最早的中国社会调查，几乎都是外来的。1922年步济时聘请6名美国人创办燕大社会学系，1926年许仕廉接任系主任，倡导讲授中国的社会学。吴文藻加入燕京大学社会学系后，担任起“西洋社会思想史”“家族社会学”“人类学”等三门课，原先采用的都是英文教本。有感于西方理论与中国现实的脱节，吴文藻首先为每一门课都编了一种汉文教材，并且加入中国的材料和研究内容，每年都根据自己的教学经验和新得材料加以修改和补充，使之日臻完善。
为了更好地推进社会学中国化，吴文藻在国外留学的深厚积累基础上，不断追踪国际学术最新发展，首先系统介绍欧美发达国家社会学、人类学的代表人物和典型学派。从民族出版社1990年出版的《吴文藻人类学社会学研究文集》，到2010年商务印书馆出版的《论社会学中国化》，都较为全面地收录了吴文藻付出巨大心血所撰写的这些文章，为社会学中国化做了大量的奠基性工作。他从《文化人类学》概念入手，依次撰文介绍《现代法国社会学》《吉丁斯的社会学学说》《德国的系统社会学派》《功能派社会人类学的由来与现状》《文化表格说明》《印度的社会与文化》等。在充分吸收国际学术成果基础上寻找社会学中国化的切实途径。
然后是引进来，邀请世界著名学者到燕京大学讲课。1932年69岁的美国芝加哥学派代表人物帕克走上了燕大课堂，一头白发的他第一句话就是：“在这门课程里我不是来教你们怎样念书，而是要教你们怎样写书。”一下子让中国学生脑洞大开。费孝通1998年88岁高龄时决心在学术上重新补课，用的就是吴文藻遗赠的帕克的两本书作教材，花了两年时间写下长篇《补课札记——重温帕克社会学》，深情回忆帕克来华故事及其深远影响。吴文藻专门为燕大师生编辑的《帕克社会学论文集》作导言，系统介绍了帕克的学术成就及芝加哥学派，特别有感于帕克“成功不居，提拔青年，鼓励后进”。
1935年吴文藻担任了燕京大学社会学系主任，更大力提倡和推行社会学中国化主张。他认为社会学要中国化，最主要的是要研究中国国情，即通过调查中国各地区的村社和城市的状况，提出改进中国社会结构的参考意见。吴文藻先生把此概括为“社区研究”。他专门增设“社区调查”“社区组织及问题”两门课，先后撰写了《现代社区研究的意义和功能》《社区的意义与社区研究的近今趋势》《中国社区研究计划的商榷》。1935年邀请英国功能学派创始人之一的拉德克里夫—布朗来华讲授“比较社会学”和“社会研究”，吴文藻撰文介绍《布朗教授的思想背景与其在学术上的贡献》。燕大社会学系成为当时最流行的结构功能学派的中国研究中心。
