1946年，吴文藻赴日本担任中国驻日代表团政治组组长并兼任出席盟国对日委员会中国代表顾问。中华人民共和国成立后，吴文藻满怀爱国热忱，1951年历经艰难返回祖国。1953年任中央民族学院研究部“国内少数民族情况”教研室主任和历史系“民族志”教研室主任。1958年4月吴文藻被错划为右派;1959年12月被摘掉右派分子帽子。此后的吴文藻基本从事内部文字工作，与费孝通等人共同校订了少数民族史志的三套丛书，为《辞海》第一版民族类撰写词目等，还多次为外交部交办的边界问题提供资料和意见。1971年吴文藻和冰心以及费孝通、邝平章等8人，从下放劳动的沙洋干校调回北京的中央民族学院，共同翻译校订了尼克松的《六次危机》的下半部分以及海斯、穆恩、韦兰合著的《世界史》，以后又合译了英国大文豪韦尔斯著的《世界史纲》。
改革开放以后，吴文藻竭力推动社会学学科重建工作。1979年3月在重建社会学座谈会上，他以十分激动的心情发表了“社会学与现代化”的发言，热情洋溢地担任起中国社会学会、民族学会的顾问。海外朋友寄来了西方最新出版的17本社会学代表性著作，他据此与学生王庆仁联名发表《英国功能学派人类学今昔》，又单独撰写发表《战后西方民族学的变迁》《新进化论试析》等论文，积极推介国际最新学术成果和动向。他不顾年高体弱，连续招收了二届民族学研究生，一如既往地严格要求、亲自上课指导，经常将学生招呼到家里讨论，要求学生从外文原著学起。他带病修改指导学生毕业论文，坚持做完4名研究生的毕业答辩，才于1985年7月3日住进北京医院，以后长期处于昏迷状态。1985年9月24日早上6时20分，吴文藻静静地去世了!他留下的遗嘱是：不向遗体告别，不开追悼会，火葬后骨灰投海，存款3万元捐献给中央民族学院民族研究所，作为民族学研究生的助学金。
“首先我想说的是吴文藻老师的为人，他在为中国社会学引进的新风气上，身教胜于言传。他所孜孜以求的不是使他自己成为一个名重一时的学人在文坛上独占鳌头。不，这不是吴老师的为人。他着眼的是学科本身，他看到了他所从事的社会学这门学科的处境、地位和应起的作用。他在65年前提出来的‘社会学中国化’是当时改革社会学这门学科的主张。……从这个角度去体会吴老师不急之于个人成名成家，而开帐讲学，挑选学生，分送出国深造，继之建立学术研究基地、出版学术刊物，这一切都是深思远谋的切实功夫，其用心是深奥的。”费孝通以“开风气，育人才”来评价他敬重的吴文藻老师，既是发自肺腑的感情表达，也在为我们这些后学，树立起做人做学问的标杆。
