新能源车的另一支劲旅是燃料电池车。这方面丰田也走在了前列。丰田一直以来把氢定位为“未来占优势的能源”，而把燃料电池车视作“终极环保车”。丰田从1992年开始研发燃料电池车，甚至早于普锐斯。2014年底，丰田的燃料电池车“未来”正式发售，这是世界上首款批量生产的轿车型燃料电池车。“未来”采用的燃料电池系统融合了燃料电池技术以及混合动力技术，其能源效率高于内燃机，行驶时不排放二氧化碳，加氢只需3分钟左右，续航距离达650公里。
但燃料电池车同样遇到配套设施不完善的问题，也就是加氢站建设跟不上。目前，日本加氢站不足100座，而一座加氢站建设费用为4亿至5亿日元。加氢站不足加上售价较高，严重制约燃料电池车普及。
市场政策是指挥棒
过去，日本几大汽车生产商在新能源汽车的发展方向上旗帜鲜明且各有所长。丰田和本田是混合动力车的先驱，而日产和三菱汽车的强项都是纯电动技术。但近些年这一界限逐渐模糊。一个重要背景就是各国相继出台重视和推动电动汽车普及的政策：美国加利福尼亚州规定，电动汽车的销售量必须在新车销售量中占到一定比例；中国为购买电动汽车的消费者提供较优厚的补贴；欧盟多国更是宣布要全面禁售燃油车。
在这样的背景下，丰田打算将其环保车战略升级为包含纯电动车的全方位战略，计划到2020年建立并完善电动汽车批量生产的体制，正式进军电动汽车市场。此外，丰田还宣布到2030年左右，纯电动车、燃料电池车、油电混合动力车以及插电式混合动力车等使用到电力的车辆在丰田集团全球销量中所占比例要从目前的15%提高到50%以上。
同样，本田也已经开始纯电动车计划。本田在2017年11月举行的东京车展上发布了一款纯电动概念车Honda Urban EV Concept，并披露了2019年在欧洲市场、2020年在日本市场发售以这款概念车为基础的纯电动车。本田的目标是，到2030年，全球销售的三分之二的汽车都采用电动技术。
