未取得两子公司控制权
2016年5月，铭源医疗公布董事会换届结果，公司原执行董事姚原、葛弘，独董姚亮等7名原管理层遭罢免，换为林炳昌与许业荣担任执行董事，林叔平等四人担任独立非执行董事。
然而，管理层换届之后，姚原、姚亮等原公司高管则拒接向接任者移交上海铭源生物芯片、数康生物两间重要附属公司的实际控制权。2016年12月，铭源医疗发布了一则由现任董事会主席林炳昌签署的公告，称公司现任高管在律师以及警察的陪同下来到上海铭源生物芯片、数康生物所在地，向代表姚原利益方索要子公司的印章及营业执照原本，但是遭到拒绝。
由于未取得子公司相关印章以及营业执照原本，现任管理层无法修改上述两家子公司的工商注册资料，因此目前姚原以及其弟姚涌分别上海铭源生物芯片、数康生物的法定代表人。
追溯铭源医疗未能在2014财年末如期披露财务报告原因，彼时公司解释为“子公司上海铭源生物芯片的银行账目丢失资金4.2亿元人民币导致公司未能发布2014年年报，且为此停牌。”而在2016年年12月，以林炳昌为代表的现任管理层称，前任管理层向当时的审计师德勤提供的账目丢失询证函为虚假证件，同时指控前管理层在附属公司的相关交易中存在欺诈或潜在欺诈行为。
两家为集团提供主要利润来源的子公司因控制权不明未被纳入业绩报表，“换血”带来的两届公司管理层的激烈对抗还在继续，为如今被强制停牌的铭源医疗未来蒙上阴影。目前，铭源医疗现任管理层未就公司被强制停牌一事作出进一步回应。
