在南方基金宏观研究与资产配置部看来，内部FOF和外部FOF最主要的区别在于，内部FOF在避免FOF双重收费问题上有较为明显的优势；而外部FOF具有可以在全市场内对基金进行挑选的优势，弥补了公司产品类型不全造成FOF配置问题，此外也避免了只用内部基金的道德风险。南方基金目前已形成基金池构建和筛选机制，运用定性和定量的方法对内外部基金展开深入研究。
华夏基金资产配置部有关人士认为，从产品层面来说，FOF通过分散风险的方式来帮客户实现组合投资的目标，这个目标就要求控制住整个产品的风险。“首先，通过内部FOF的方式可以比较充分地尽调；其次，管理人一般对自家基金的理解会比外部更深；第三，相较外部FOF,内部FOF的费用也会降很多。综合这些观点来看，产品线布局全面的基金公司在做投资内部基金的FOF确实会有一些优势。不过，外部会有很多有特点的基金，而且有的公司其实自身产品线也不全，如果完全不考虑外部产品的话，其底层产品线可能出现缺失、投资标的也不完整。”
王群航则建议，目前应以外部FOF为主要发展方向。在他看来，即使是少数几家大公司，可以作为FOF备选的标的基金也都不足百只，内部FOF如何能够充分地做好大类资产配置。
贾志则表示：“内部与外部到底谁好谁坏？还是交给市场去看，因为最终都是要在赛道上把自己展现出来。当披露投资组合时，一旦自己家的产品在整个组合当中是排位靠后的，基金公司也要有足够的心理准备来面对投资人的疑问和质疑。”
市场亦有言论担忧FOF基金是否会成为营销工具。马永谙向记者表示，“FOF基金可分为销售型FOF和管理型FOF两种。销售型FOF就是将一揽子基金打包出售，先锋基金曾做过这种内部FOF，它本身就是销售工具。‘销售工具’并不是个贬义词，但是，怕的是所有FOF都变成销售工具。”
“现有制度本身亦鼓励利用自有基金来组建FOF，这样可避免双重收费。为客户做资产配置并得到客户的认同很难，且是个缓慢的过程。在这个过程中，就会出现为趋利、追求利益而将FOF转变成销售工具的可能。另外，从利益上讲，这条路也是最容易实现的。”马永谙进一步表示。
