在稳的前提下，监管层将目光投向了资本市场的基础性制度改革层面。从大幅简化并购重组行政审批，鼓励基于产业整合的并购重组，严格重组上市要求，加强并购重组监管，到调整完善再融资政策，在满足正常合理融资需求的同时，规范资金募集使用行为，优化融资品种结构；从出台规范上市公司股东和董监高股份减持行为的新规，以遏制“清仓式”减持、“精准”减持、“过桥”减持等行为，到推进新三板分层制度改革，将区域性股权市场纳入多层次资本市场体系。资本市场陆续推出多项改革举措，稳扎稳打，在引导资金回归到实体经济、推进多层次资本市场“四梁八柱”性质改革的同时，约束了市场投机行为，促进了资源优化配置，有力支持了国企改革、产业升级和结构调整。
以并购重组为例，2016年，国有控股上市公司并购重组共有678单，交易金额达1.02万亿元，占全市场并购重组交易总金额的43%。其中，长江电力收购三峡集团水电资产、国药一致与现代制药之间的重组，均实现了优质国资控股上市公司布局的优化；中铁二局注入中国中铁核心制造资产，导致其主业变更为高端装备制造业；长城电脑换股合并长城信息并收购资产，则提升了其军工业务的综合实力。此外，*ST舜船、*ST金瑞、*ST煤气等一批亏损企业的重组也带动了更多行业的加速整合。
同时，钢铁、水泥、船舶、电解铝、煤化工、汽车、纺织、电力等八大产能过剩行业共有118家上市公司实施了并购重组，合计交易金额2336.78亿元。其中，有的通过减少恶性竞争，提高行业集中度化解过剩产能。如宝钢吸并武钢，合并成立的宝武钢铁集团是中国第一、全球第二的特大型钢铁企业。有的通过置出过剩产能，置入优质资产，重新“盘活再生”。如*ST济柴通过重组置入中石油旗下金融资产、*ST天利成为中石油石油工程业务建设平台。
前海开源基金管理有限公司董事总经理杨德龙表示，完善资本市场基础制度是重塑市场秩序、回归资本市场服务实体经济本源的基础，此前制度有漏洞，导致市场投机氛围较重，滋生了不少非法者，他们钻制度的空子，大发不义之财，进而致使整个市场鱼龙混杂，制度重建后，监管划清红线，市场主体皆须按照市场规则行事，违者将面临重罚。
