制度性成本过高，企业改革成本过大
一是时间成本高。国有企业重组改制，程序复杂、审批繁琐，周期较长，时间成本高。对于那些急于通过与国企合作抓住市场机会的民企而言，常常是“等得花儿都谢了”。
二是交易成本高。国有企业改制重组过程中，需要调整企业股权结构或变更企业名称，涉及产权交易、土地房产、车辆设备等固定资产过户变更，需要交纳高额的所得税和土地出让金。企业内部资源整合、产权无偿划转也要支付巨额税费，这使得改革成本大幅增加，企业证券化难度加大，双方合作意愿下降。
三是准入门槛高。竞争性行业混合所有制改革推进相对比较容易，垄断型行业的改革相对较慢。非公企业想进入的电力、石油、铁路、民航、军工等领域，目前并没有真正放开准入限制。
四是退出成本。民营资本不仅存在进入难的问题，一旦和国有资本进行混合了以后，想退出也比较困难。政府在鼓励非公资本积极参与混合所有制改革方面出台了一些文件与支持措施，但非公资本如何合理、有序退出还有待研究。尤其是在混合所有制企业快速发展，企业资产实现较高增值的情况下，由于担忧被扣上国有资产流失的帽子，非公资本的退出显得更为困难。
五是历史包袱重。目前，国企办社会职能机构约1.66万个，从业人员约180万人，尚未实现社会化管理的离退休人员约1100万人。厂办大集体改革涉及在职职工约385万人，职工安置压力大，社保费用欠缴数额巨大，地方政府接收能力弱。
推进改革的动力不强，创业、创新精神不足
当前国企推动混改的内生动能还不够强，还未完全摆脱改革“疲劳症”、“畏惧症”和“疑虑症”的影响，想改革、争改革、会改革的局面还有待形成。
一是动力不足。由于缺乏对国企贷款风险的有效评估和成本定价机制，国企存在事实上的融资贷款和预算支出软约束，即使经营效益不佳，也可负债运行。这既不利于国企的稳健经营，也使其开展混改的动力不足。
二是目的复杂。当前有些企业推进混合所有制改革的动机较为复杂。有的欲借改革之名，大搞内部人控制、侵吞国有资产；有的打着改革旗号，卖资产、逃债务、甩包袱以逃避经营责任。
三是避重就轻。混合所有制改革进展很不平衡，很多母子型结构和集团化的国企选择碎片化、各自突围的产权改革方式，即集团公司层面混的较少，下属二级、三级、四级、五级企业实行各式各样的产权改革。中央企业二级、三级、四级和五级企业中混合所有制企业户数占比分别为10.83%、24.27%、31.85%和35.76%。
四是思路简单。改革缺乏创意，开展聪明改革、智慧改革的积极性不高。
企业文化差异影响混合所有制发展
一是价值理念不同。非国有资本利润意愿强烈，求快、求大，短期利益导向明显，有时会把正常审批当成是政府对企业的不当干预。而国有资本注重企业的长远发展、员工利益与公共利益间取得平衡，也注重程序和形式的合法性，有时会为了长期发展而牺牲短期利益。这极易引发关于企业发展和运作方式上的矛盾和冲突，导致在合作过程中经常出现分歧或者最终导致“分手”。
二是管理手段不同。国有资本对投资的管理主要是以监管、约束和内部制衡为主，非公有资本则采用监管、授权、激励混合的多种管理手段。国有资本和非国有资本管理方式的差异导致管理磨合问题较多。
三是运营模式不同。国有企业决策链条长，非国有企业决策和应变相对灵活。在混合所有制发展中，市场竞争要求的时效紧迫性、非国有企业要求的决策灵活性与国企决策流程效率等方面存在冲突。
