在杨朝飞看来，即将成立的生态环境部，是1982年以后，国家环保机构的第四次“更名”，“其实，叫更名并不确切，因为这一次并不只是名称的变化，生态环境部整合了7个部委的环保职责”。
按照国务院机构改革方案，生态环境部整合了环保部的职责；国家发改委应对气候变化和减排职责；国土资源部的监督防止地下水污染职责；水利部的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责；农业部的监督指导农业面源污染治理职责；国家海洋局的海洋环境保护职责；国务院南水北调工程建设委员会办公室的南水北调工程项目区环境保护职责。
“到底板子该打谁，全都解决了”，杨朝飞认为，上述改革方案，有望终结环保职能“九龙治水”、多头管理的局面，“环保职能碎片化，原来这个问题比较突出”，以水污染为例，企业排的污水，在岸上环保部门管，到了河里归水利部门管，可能在岸上时，水质还是达标的，但流到河里就不达标了，而各部门自说自话，不能真实反映污染状况。
全国政协委员、全国社保基金理事会理事长楼继伟在会议讨论中也举例说明“九龙治水”、多头管理的弊端，“一只蛤蟆跳进水里，归农业部管，蹦到岸上就归林业局管”，“种牡丹归林业局管，改种芍药就得归农业部了，一个是草本、一个是木本”。他说，有时候几个部门开会，还没讲完大家就“打起来了”，互相质问“你的手怎么伸到我部门来了？”
改革方案不回避利益调整
中国行政管理学会副秘书长沈荣华认为，仅从国务院机构改革方案看，体现出不回避权力和利益调整的特点，重塑新的利益格局，“从根上解决了过去职能交叉、重叠等痼疾，对进一步转变政府职能、建设人民满意的服务型政府，意义重大深远”。
