在北京圣马克医院创始人黄国煌眼里，真正意义上的民营医院火起来就在这个时间。1999年开始，他也从销售激光器械转身。先去了深圳博爱民营医院做职业经理人，负责品牌和市场。
2005年，企业办医院也开始兴起。据卫生计生委的数据统计，发展到2005年，经历过市场的淘汰和新生后，全国民营医院的数量是3320家。
持续放量
2005年，民营医院开始了再度持续放量的高峰时间。
在民营医院发展史上，这是第三波放量式成长。第一波是，挂靠门诊部的成立，第二波是允许设立民营医院。
卫计委公布的统计年鉴显示，2005年到2012年，民营医院数量由3220家，翻了3倍至9786家。同期，公立医院数量则下降了2000家至1.3万家。
卫计委宣传司司长毛群安告诉本报记者，截止到2015年年底，民营医疗机构达到了1.45万家。
不过，民营医院高成本的运行模式仍在持续。医疗机构数量迅速膨胀的时代，也是一个鱼龙混杂的时代。
“这个时间段里，正规与不正规已经开始出现很大分歧。这是随着老百姓意识的提高，以及市场经济发展所决定的。”一为公立医院人士称。
民生耳鼻喉专科医院2005年创立。创始人谢从平说，刚开业时，也学着莆田系一些人的经营模式，来了病人狠收钱。不过，口碑是无形广告，第一个月亏了接近100万，第二个月继续，第三个月亏的更多……无论他怎么想着方法提高收费，但阻挡不了越亏越严重、客流越来越稀少的处境。“在不断亏损面前，我开始考虑，这个医院要建立成什么样的医院。假如是我自己父母、朋友心目中的医院，那或许才是对的。”谢从平称。
谢从平称，现在回头来看，做医院还是要经营口碑，价格不离谱，治疗效果好，复诊以及熟客率就上来了，这才是最正当的获客之道。
谢从平的民生耳鼻喉专科医院一直到2008年才开始实现微利，到2014年时，武汉耳鼻喉专科医院盈利1000万元左右。目前，民生耳鼻喉专科医院集团旗下有5家专科医院。
发展到2007年，北亚医院真正意义上骨科医院已经展露雏形。“就是两个老百姓不满意了。他们都认为你既然能看骨科最难的病股骨头坏死，那我这骨头骨纤维增生和骨软化症，肯定你也能看。”在这样患者需求下，一个综合医院骨科科室变成了一个骨科医院。
关于民营和公立的问题，肖正权称，一直感受不是很深。“老百姓不管你是民营不民营，我无数次问他民营医院你信吗，他说，我们是来看病的，不是来看医院的”。
不过，这一阶段里,矛盾积累并不断爆发。很多问题开始受到社会强烈的诟病。药价虚高、商业贿赂、假药、数名医药官员落马，医药领域的丑闻频发。这是一个质疑与争议的时期，2005年中，国研中心和世界卫生组织的合作报告披露，称中国中国医疗卫生体制改革“总体上是不成功的”，并被社会解读为市场化改革所致。
2009年，迎来了新医改。《国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》这一年出台，标志着新一轮医改正式开始。国家在民营医疗机构准入和执业等方面，不断出台鼓励性政策。
2013年，《关于促进健康服务业发展的若干意见》再度指出，放宽非公立医疗机构市场准入以及完善财税价格政策；提出2020年健康服务业总规模达到8万亿元以上。
回归本质
记者采访的多位民营医院人士都认为，现在到了一个真正的转型期。
目前，民营医院的数量已经超过了公立医院，2015年，社会办医疗机构门诊量已占全国门诊总量的22%。
