不过，发展到2000年前后，诸多矛盾已经开始在民营医院身上聚集。
国家对于医疗机构进行分类管理，营利性机构一律参照执行企业财务制度，并且开始征收营业税。这个时期，民营医院都是商业用水、用电、用地，运营成本比公立医院高出一截。税率的再增加，使得在公立医院和承包科室挤压下的民营医院盈利更加困难。
温州康宁医院成立于1998年，据《健康报》报道，康宁医院的统计显示，开始几年所有税收汇总高达医院营业额的20%，超过医院的毛利。这样的负担，压得3位股东“喘不过气来”。
2005年，温州市卫生经济学会完成了5所公立医院和7所民营医院的税费负担及其实际承担能力的调查，结果显示，公立医院的年人均收益比民营医院高出5.57万元。
赵淳发表在《中国卫生产业》2005年第11期的文章《民营医院税收之我见》中写道：在温州，现行的税费总负担已超越了当地营利性医院的实际承担能力……现存民营医院将因巨额亏损也会使公立医院的改制望而却步。
民营医院人才问题一直是一大困境，不管是过去还是现在。在公立医院的人事结构中，医生们的职称、人事关系都在地方人事局，一旦脱离公立医院体系医师职称将无法再进行。同样，退休等等保障体系也将脱离。这成为束缚医生们流动最大的因素。民营医院的人才来源，部分是公立医院退休后老专家的聘请，以及挤不进公立医院的部分护士、医学专业生的雇佣。但这样的人才结构，以及公立医疗体系的历史积攒因素，使得其无法比拼。因此，患者的就诊目标开始专向公立医院。
医保政策的实行，对于民营医院来说是一大变局。
2000年，中国拉开城镇职工医保帷幕，国有企业的职工第一批上了医保。在这之前，实行的是公费医疗，与企业内部解决制度。如国家干部享受公费医疗，厂矿职工的就医在本单位的职工医院，单位负责制。
城镇职工医保首先落地在公立医疗机构，这一落地几乎将90%的病患导向了公立医院。民营医院界诟病，这是一种不平等对待。
据赵淳介绍，在这个阶段中，多重政策夹击，民营医院几乎没有利润，很多民营老板们拆东墙补西墙。很多在东拆西借中就没有了然后。
“民营医院最愁的是没有病源，一个医院的发展他有病源才能够有口碑，要慢慢做，这时候得耐得住寂寞，没有钱的时候投资者得继续往里扔钱，继续维持。行业有句话，叫真正做好口碑了，爆发力是几何形增长的。”赵淳称，凡是挺过来的，现在都活的挺好了。
也就是从这一年，民营医院分会开始呼吁，取消民营医院营业税。这一呼吁便是8年。业界的估计说，从2000年算起的8年间，诞生的民营医院最终有三分之二没有了后来。剩下的成为今天正规民营医院领域较为有代表性的医院。
然而，这一阶段的中国医疗市场矛盾越积越多。由于吸引病患越来越困难，一些民营医院逐渐脱离救死扶伤的本职。2000年，卫生部下文严禁各级各类医疗机构将本单位的科室或业务用房租借或承包给社会上非医务人员从事医疗活动。这从一个侧面反映了问题的严重性。
肖正权称，2000年叫停公立医院承包乱像，“被清理的过程当中，国家开了口子，可以办院，可以自然人申请办院，这个时间申请办院。”这一时期，莆田系办医院迅速发展。在自然人办医院的同时，2005年左右，部队医院可承包被莆田系发现。
此时，医药市场的需求也已在爆发期。“到了2001年，虽然政府卫生投入明显增加，但还是难以满足人们的需求。于是政府又出台了一系列鼓励规范民营医院发展的政策,中小规模的专科民营医疗机构继续快速发展，一些规模较大的综合民营医院开始出现，医疗服务市场竞争态势日趋激烈，部分民营医院真正开始呈现职业化管理，呈现可持续发展的态势。”云南肾脏病医院院长葛树森说。
