在扩大医疗服务资源，以应对越来越多的病患需求背景下，医院的承包制发展迅速推动，科室承包也应时出现。发展到1995年及后期，这一技术合作模式被放大并开始扭曲，以莆田人为代表，街头游医纷纷变身科室承包人。今天所说的“科室承包”开始出现泛滥的苗头，广被诟病的医疗虚假宣传也出现了。“生意就是这样，越做越大，街头游医到承包科室，就是一个转正的过程。”一位莆田医疗人士称，当时承包一个科室需要几十万，而开一家小型的医院至少也得七八十万。
发展到1995年左右，一边是公立医院市场活跃度不断提高，一边是承包科室在铺天盖地铺开，类似于北亚医院的民营医院，虽然技术无需质疑却在逐渐繁荣的经济环境中首次感受到压力。“在这两方的强势夹击下，一些原本发挥余热而设立的民营医院日子越来越不好。因为这些老医生们的观念里看病是救死扶伤，不是一门生意，医不叩门。”公立医院一位人士说。
1996年，丁先生去世，医院开始进入一度的没落期。“院长起着决定性作用，因为涉及到经营思想的方方面面。”肖正权说。2000年末，肖接手时，全院只有9个养老病人，24名医务人员。
业界将1990年定义为：民营医院发展史上的分水岭。这个分水岭之后，中国医疗市场真正活跃起来了，但也是中国医疗服务变形的分水岭。
承包科室、诊所利用街头广告争抢患者，到1990年代后期，医疗宣传铺天盖地。中国的医疗服务体系开始出现扭曲，医疗信息、医学技术、医学资源不对称大幅出现。
然而，在这一阶段中，多数民营医院、承包科室的个体行医人士，大都在补缺公立医院的缝隙，以进入专科领域为主，为口腔、眼科、泌尿、不孕不育等等领域。在这一阶段中，较大的民营医院床位数在200到300张左右，小的在50张左右。民营医院的分布主以广东、浙江为主。
即使存在诸多问题，1997年，被业界解读为“史上最振奋民营医院信心的政策”出炉。
这份文件是《中共中央、国务院关于卫生改革发展的决定》(中发〔1997〕3号)。文件提出，将社会办医定位为医疗卫生服务体系的补充力量。民营医院的补缺角色、社会地位被真正认可。
这年，云南肾脏病医院成立。“我们始终相信，民营医院一定会成为我国医疗事业的强大补充，这也是我们创办这家医院的初衷，也是坚持至今的强大信念。”云南肾脏病医院院长葛树森称。
问题在聚集
2000年末时，肖正权以120万接手北亚医院。在这之前，他任职于中国中医研究院科技合作中心。从90年代初开始，在“搞活经济把科研转化为生产力”的号召下，各科研单位便赶时髦一样纷纷办公司。中国中医研究院科技合作中心也在列。
丁先生去世后，她老伴坚持多年，但终因财力不支欲将医院整体转让，要求转让费为120万。此时，肖正权所在单位欲接盘，但无法接受这个报价。医院的全部资产是24个员工，每年28万的房租。当时业界给出的估值80万较为合理。
在与丁先生老伴推心置腹后，肖正权答应了120万的价格。“老先生的一席话很打动我。这么多年由于经营不好，我把所有的积蓄全都花光了，也借了债，总共的所有是120万，现在我什么都没有，我现在80岁心脏不好，如果明天去世了，所有借钱的人，支持的人，就都没有办法了，这些东西都成为遗憾了。”
其时，在肖正权代表单位和丁先生老伴谈时，也有买主找上门，但“老先生觉得我也是医生，还是个'正经人'，觉得我这人不错，哈哈。”肖正权回忆当时的情景，不禁笑出声。肖正权接手之后，北亚医院于2001年脱离挂靠，成立北京北亚医院独立法人。
