值得注意的是，《草案》对中央和特区在维护国家安全事务上的责任和权限做了十分清晰的划分：中央人民政府对有关国家安全事务有根本责任，香港特别行政区对维护国家安全有宪制责任。

具体来说，《草案》规定，除特定情形外，香港特别行政区对该法规定的犯罪案件行使管辖权，负责其立案侦查、检控、审判和刑罚的执行等诉讼程序事宜。与此同时，驻港国家安全公署和国家有关机关在特定情形下对极少数危害国家安全犯罪案件行使管辖权，这是“中央全面管治权的重要体现”。

全国人大常委谭耀宗对《环球时报》记者表示，这样的权责划分显示出中央对特区政府和特区的执法、司法机构展现出充分信任、依赖和尊重。他表示，由于部分人士对国安法的‘污名化’，此前有港人曾担忧“会把港人拉至内地审判”“内地直接派法官审理”甚至“把港人关在大陆”。根据《草案》内容，这些都不会发生，只有极少数特区机制无法处理的案件，中央才会行使管辖权。

“这既能满足从国家层面维护国家安全的法制需要，又能极大保护香港高度自治和司法独立。”田飞龙形容称，这是“冲击最小，收益最大”的法律安排。

这名中国法律学者分析认为，《草案》实质上是把涉港国安立法在管辖上分为一般管辖和特殊管辖。一般管辖将涵盖大部分案件，授权特首领导的维护国安委员会、律政司和警队等香港本地机构负责。而特殊管辖则是指，当案件已超出香港本地执法能力、对香港本地法治和社会秩序造成过大冲击，或是在情报收集、案件侦破和审判上遇到前所未有的超强压力，此时将必须由中央承担管辖责任。

那么，从去年至今的“修例风波”中可能涉及国家安全事宜的案件，应当属于特区负责的“一般管辖”还是中央负责的“特殊管辖”呢？田飞龙认为，“修例风波”符合后者的情况。他同时表示，“修例风波”中的案件料不属于法不溯及既往的范围，因为修例风波并非是“过往事件”，而是“正在进行时”。

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