针对媒体提出的“扇贝大面积绝收的第二个原因可能是长期不合规的捕捞方法，违禁耙网已经破坏了海底生态”的疑问，獐子岛表示不存在以上情形，称公司的底播虾夷扇贝采捕网具与国际、行业惯例一致，公司的扇贝采捕网具对海底生态影响较小。
与此同时，獐子岛否认了过度采捕的情况。回复函公布的数据显示，2015年采捕2012年和2013年底播的苗，共57.74万亩；2016年采捕2012年、2013年、2014年底播的苗，共55.78万亩；2017年采捕是2013年、2014年、2015年底播的苗，共60.97万亩。2016年、2017年播的苗种尚处于生长阶段，未到采捕时间。
公司历年均按照采捕计划在指定的海域组织进行播苗和采捕，不存在提前采捕行为。
回复函还否认了“2017年11月份就发现存货异常情况并要求员工不得向外泄漏的情况”，并公布了2017年11月、12月、2018年1月采捕扇贝的情况。
数据显示，2017年11月、2017年12月、2018年1月采捕扇贝的具体情况与历史同期相比，扇贝的规格、单重等无明显变化。但受扇贝消瘦等因素影响导致亩产较低；受扇贝消瘦导致的订单减少等因素影响，公司根据订单采捕的扇贝数量减少。
最后，回复函强调，本次虾夷扇贝死亡原因属于自然灾害的结论已经基本明确并形成了业内共识。
