部分听证参加人认为，穿梭巴士和过境巴士运营性质不同，前者为独家经营，实载率较高,定价考虑了路桥费，成本可以传导给乘客，后者经营主体众多，可选择口岸较多,竞争激烈，实载率较低,无法通过提价消化成本。
如穿梭巴士定价为450元，广州、中山等市至香港的运输成本将增加15%左右，半数车辆将转走深圳湾口岸，不利于提升运输服务质量。部分听证参加人认为，两种巴士属于同一类型车辆，如执行不同政策，感觉不尽合理，应适当降低穿梭巴士收费标准，尽量缩小价差。
5、收费优惠和动态调整：
部分听证参加人建议，区分不同时间和交通流量差别定价，对经常往来的车主设置月票或套票优惠。部分听证会参加人建议，考虑到交通量、收费、成本预测可能存在偏差，政府应该定期检讨和跟踪评估，对收费标准进行动态调整。
另外，部分听证会参加人还提出了颁布大桥管理及运营条例、实行两地一检、增发车辆配额、扩建口岸配套停车场、增设旅游购物区、增加接驳巴士、建立跨界营运车辆司机资格互认机制、举行马拉松比赛等意见建议，广东省发展改革委将及时转告有关部门。
