1999年，国家在珠江口海域建立中华白海豚自然保护区，位于珠江口北端，属珠海市水域范围内，总面积460平方公里，东界线为粤港水域分界线，核心区面积140平方公里，缓冲区面积192平方公里，实验区面积128平方公里。
“虽然人类为中华白海豚划分了保护区，但白海豚并不知道保护区在哪里，保护区只是保护了一部分，而海豚的活动范围包括了整个珠江口，有很多保护区以外的区域也有白海豚出没。”魏翰扬说。
王炳对中华白海豚的生存环境表示担心，他认为珠江口是一个航运非常繁华的地方，船舶进进出出，而且港珠澳大桥经过中华白海豚自然保护区，香港机场也在保护区附近，所以中华白海豚的命运十分让人担忧，怕到最后就没有它们可以容身的地方。
据中国水产科学研究院南海水产研究所2010年统计数据，整个中华白海豚种群分布从伶仃洋到海陵岛，基数仅约3000头。
“深圳机场三跑道填海区附近局部地方的中华白海豚出现几率不比保护区的低，也就是说这里填海会干扰到珠江出海口的生态。”魏翰扬说，环评可以在科学论证下说明建设项目对白海豚影响较小，但不应忽略不提，希望环评单位能对白海豚进行详细的评估。
据了解，白海豚对栖息地选择有着比较高的要求，它们比较喜欢亚热带海区的河口咸淡水交汇水域，还对海水深度有要求，喜欢在浅于25米的湿地或者沿岸地域生存。这种区域的浮游生物比较多，白海豚可以捕食的生物也多。
面对质疑，中国电建集团华东勘测设计研究院有限公司郭姓工程师向界面新闻记者解释称，深圳机场往西边的一大片水域确实观测到中华白海豚，但是深圳机场填海往西是沿江高速，沿江高速的桥墩已经把整个外围都围起来了，根据一些历史资料，并没有白海豚到桥墩里面活动。另一方面，填海这一块水面是比较浅的，如果白海豚真的跑到这里来，有可能会出现搁浅，所以该填海项目是可行的。
截至记者发稿之际，深圳机场三跑道扩建工程项目填海工程的环评报告并未作修改，仍然对中华白海豚一字不提。有环评业内人士指出，一般情况下，公示期内环评单位不会对环评报告作出修改，而是在公示结束后再修改，如果公示期内就作出修改，等于环评单位早早接受了公众意见。
界面新闻记者于7月13日曾发采访函致深圳市规划和国土资源委员会，截至发稿之时，仍未收到回复。
中华白海豚栖息地使用率分布格局。图片来源：CECA逐渐被“侵蚀”的珠江口
对比1979年到2010年的多张珠三角卫星图片可以发现，珠三角城市的面积在三十多年间悄然发生着变化，除了农田变成城市之外，海岸线也不断往海洋延伸。
即使在经济、科技高速发展的今天，由于人地矛盾越来越突出，为缓解用地紧张，包括深圳、香港、澳门、珠海、广州、东莞、中山等珠江三角洲的沿海城市仍纷纷申报填海项目，填海项目“遍地开花”。
在珠三角城市中，深圳是填海造地的一个典型城市，土地紧缺也是这个城市发展的一大阻力。据《羊城晚报》报道，深圳建市30多年，通过填海变成陆地的海域至少有69平方公里，共填出6个蛇口半岛的面积，原本254公里的自然海岸线仅剩40多公里未被开发。
今年，深圳还在《市政府公报》中发布《深圳城市基础设施建设五年行动计划（2016-2020年）》，要求“公共安全及空间拓展实现突破”，新增填海面积50平方公里，市规划国土委、盐田区政府、大鹏新区管委会负责“东部海域围填海项目”，市规划国土委、宝安区政府负责“西部海域围填海项目”。
