“填海区域影响到红树林，就会牵涉到鸟类，因为鸟类迁徙的过程中，需要滩涂为它们提供一些食物的补充，滩涂上生活着包括贝类、螺类等很多无脊椎动物，以及很多鱼类。鸟类都是靠吃那些生活的，红树林则为它们提供一些栖息地。”广东省海洋开发研究中心特聘专家王炳说。
让候鸟飞公益基金调查部负责人田阳也向界面新闻记者表述了相同的观点，他指出，候鸟中很多都是阶梯式迁徙，如俄罗斯西伯利亚的候鸟到中国南部沿海去过冬，在天津的候鸟到澳大利亚去过冬，深圳作为中转站，是长距离迁徙的鸟类的一个非常重要的“加油站”，因此填海工程建设过程中应该保护好红树林。
7月13日，界面新闻记者发现，环评单位中国电建集团华东勘测设计研究院有限公司官网上的该项目环评公示已作出了修改，增加了“生态湿地区内红树林应永久保留，施工期间避免对其造成破坏”等语句。
记者致电中国电建集团华东勘测设计研究院有限公司，该单位负责环评工作的郭姓工程师表示，因为当初公布简本的时候比较匆忙，没有把这一块内容写上去，收到这些反馈之后，更改了环评报告内容，已经补充上去了。
该工程师说，在建设填海项目时，成片的红树林将作为一个生态湿地保留起来，但是对于养殖塘上零星的红树林，有部分可能会被破坏。“在环评中，我们也会尽量多提一些保护措施，保护这些零星的红树林。”
界面新闻记者还注意到，修改过后的环评报告中，原版本中“本工程建设与深圳市基本生态控制线相兼容”，改为了“本工程占用部分基本生态控制线，应进一步协调”。上述工程师告诉记者，他们从政府相关部门了解到，深圳市基本生态控制线在以前划定的时候存在一些问题，填海项目确实占用基本生态控制线，目前正在协调。
但魏翰扬不认同环评单位的说法。他表示，把责任推给设置基本生态控制线一方是不合理的，控制线内确实有特别需要保护的动植物，环评单位应该促使建设单位完全遵守基本生态控制线的要求，而不是设法帮助建设单位绕开或调整生态线，政府部门更应该捍卫这一条线。
基本生态控制线冲突区域比照图。图来源：CECA被忽视的白海豚
深圳另一个填海项目——深圳机场三跑道扩建项目填海工程，因与中华白海豚出没区域存在交叠而变得备受关注。
根据中国电建集团华东勘测设计研究院有限公司对该项目作出的环评报告简本，深圳机场三跑道扩建工程项目位于宝安综合作业区与机场作业区之间，该项目工程规划用海总面积约为439.8万平方米，陆域形成面积约365.9万平方米。
实际上，深圳机场三跑道很早就已规划好，机场外面有一条广深沿江高速，要填海的就是机场和沿江高速之间的地带，机场早期也预留了这个位置。
环评报告指出，该工程对海水水质、周边海域环境、陆上施工区周边环境、沉积物环境以及区域鸟类生存环境的影响均有限。施工期间对渔业资源的影响主要为悬浮物扩散。高浓度悬浮颗粒将直接对海洋生物仔幼体造成伤害，但施工对渔业资源的影响是暂时的、可逆的。
魏翰扬也对该项目的环评报告提出了质疑，他指出环评报告中存在评价疏漏：没有提及项目对珍稀物种中华白海豚的影响，尤其是机场填海处恰是白海豚出没频率比较高的位置。
