在百万裁军的大背景下，中共中央、中央军委下决心成立这所我军最高军事学府，从根本上讲是为了“培养陆、海、空军军以上军事、政治、后勤指挥干部，大军区以上高级参谋人员，军队高级力量研究人员和省以上政府有关部门的领导干部，并从事有关战略和国防现代化建设问题的研究，为军委、总部决策起咨询作用”。
1985年11月30日，军委主席邓小平签署《国防大学领导班子配备》的命令，正式任命张震为国防大学校长，李德生为政治委员。根据12月24日签署的《成立中国人民解放军国防大学》命令及军委批复，新组建的国防大学机关设“四部（训练部、政治部、科研部、校务部）一办（校办公室）”，教学机构由战略、战役、军队指挥、军兵种、外军、马克思主义理论、中共党史党建政治工作、世界经济政治、后勤、外训、科技、外语教研室和电化教学中心共13个单位组成。国防研究系、基本一系、基本二系、进修系、外训系和研究生院构成了学员的管理机构。
2003年9月，中央军委决定裁减员额20万人。受此影响，国防大学在保留了机关原有的“四部制”的基础上，根据教学科研的实际需要，将原先设立的13个教研部门（中心）整合为战略、战役、马克思主义、信息作战与指挥训练、军队建设与军队政治工作、军事后勤与军事科技装备共6个教研部。
2012年，国防大学再次实施编制体制调整，主要是对现有的5所学院管理机构全面实施院校体制。由于外训系已于2004年5月的编制调整中撤系建院，成立了国防大学防务学院。而国防大学研究生院自1988年4月30日成立之日起就是院校体制，因此在此次编制调整过程中所涉及的主要是国防研究系、基本系和进修系3家单位。其中原国防研究系更名为国防大学国防安全学院，由副军级升格为正军级，主要培养部队军职以上和地方省部级领导干部。
原基本系成为国防大学联合指挥与参谋学院，主要承担指挥员班、参谋班、师团职领导干部班、中青年领导干部班和高级领率机关工作培训班、全军联合参谋超前培养班的培训任务。
原进修系更名为国防大学进修学院，仍为副军级编制。主要担负着我军和武警部队中高级军官在职继续进修培训任务，以及中央国家机关司局级以上领导干部和地方省市区干部等关于国家安全和军队建设方面的教育培训任务。
