颜宁获聘新职，担任深圳湾实验室主任 “归去来兮”的她，到底在做些什么？(7)
几十年来，科学家们一直在总结规律，尽量把不太可能出现的结构排除掉，缩小他们预测的范围。现在他们的主要出发点，是一个叫“自由能”的概念。可以这么理解，自由能越高，蛋白质就越不稳定，容易发生改变。所以，它会以自由能最小化的方式折叠起来。从这条规律出发，算结构变得容易了一些，但也有限。诺贝尔化学奖获得者理查德·亨德森就说过：“你可以通过能量最小化来做结构，最多可达60或70个氨基酸……但是一旦你想尝试1000个氨基酸左右的蛋白质，答案就会迅速变得遥不可及。”
可能性太多，规律又太少，所以很长时间以来，预测蛋白质结构方面的进展，一直缓慢。科学家们还专门为了这个事情，办了一个比赛，叫CASP，名称翻译过来，就是“蛋白质结构预测关键评估”大赛。主办方出题，给出几十个已经实验测出结构，但结果还没公开的蛋白质。参赛者答题，根据氨基酸序列，用自己的模型来算结构。然后由独立评审，比较这些模型和主办方的实验结果，给模型打分，分出高下。这个比赛两年举办一次，到今年刚好15届。前13届，进展都有限，慢到几乎看不出来，大家给出的模型，差别也没多少。直到2018年，突然蹦出了一个冠军，成绩比亚军高出20%。这下无论是学界内外，都炸开锅了。
这个冠军，叫AlphaFold，和那个围棋下赢世界冠军的AlphaGo，来自同一家公司DeepMind。没错，它也是一个AI。
这还没完。两年之后，AlphaFold二代又参加了比赛，还是第一，分数比上次还高。而且，这个AlphaFold2不但参赛了，还在一年后开源了，数据集向公众免费开放。到今年7月，它数据库里预测的蛋白质结构，已经超过了两亿个。包括植物、细菌、真菌在内，已知的100万个物种、2.14亿个蛋白质结构，全都进了它的数据库。而从几十万到两亿，它只花了两年的时间。
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