“同一物种为何会表现出不同的性状,功能单倍型(功能等位基因)的差异是关键,”徐建龙说,“日本晴是全球第一个完成最精细全基因组测序的品种,在水稻功能基因组的众多研究中都具有非常重要的参考意义。所以,我们以日本晴为参考基因组,对3010份水稻核心种质基因组变异进行了分析,构建了一个由45963个基因组成的全基因组基因功能单倍型数据集,这一数据集全面揭示了亚洲栽培稻基因功能单倍型自然变异特征,证实了亚洲栽培稻多起源假说。”
我国科学家对3010份水稻核心种质基因组变异进行了分析,构建了一个由45963个基因组成的全基因组基因功能单倍型数据集,这一数据集全面揭示了亚洲栽培稻基因功能单倍型自然变异特征。中国农科院供图
此外,研究还评估了现代育种对全基因组功能单倍型多样性的影响,对已克隆基因的有利功能单倍型进行了深入挖掘。徐建龙介绍,“我们发现,基于功能单倍型数据在全基因组关联分析中有更大的功效,在多数性状上具有更高的预测力。为此,我们还开发了适用于功能单倍型数据全基因组关联分析和全基因组预测的软件包,为今后水稻基因的基础研究和复杂性状有利等位基因发掘提供极大便利,全面助力水稻分子设计育种。同时也对其他作物群体基因组、功能基因组和设计育种研究具有借鉴意义。”
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、中国农科院科技创新工程等项目资助。
新京报记者周怀宗
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