随着金融机构的增加，金融业务创新也不断加快。福建自贸区内共办理人民币跨境结算1181.48亿元，是挂牌前结算量的64倍；厦门片区内离岸账户客户3844家，2016年离岸结算超过1300亿元人民币。两岸金融合作也亮点纷呈。兴业银行实现了台资银行大陆分行资金业务全覆盖；两岸资本市场合作实现破冰，金圆集团联合台湾蓝涛亚洲集团发起3亿元股权投资基金；海峡股权交易中心已为台资企业融资21亿元人民币。
营商环境明显改善
新兴业态蓬勃发展
自贸区成立以来，福建大胆创新、先行先试，努力营造国际一流营商环境，一批创新举措落地实施，企业通关更快速、更便捷、更便宜。
国际贸易“单一窗口”是福建首创，使企业货物申报时间大大缩短，船舶进出境申报时间由36小时缩短到2.5小时以内。通关提速和口岸查验部门加强合作，使企业的物流成本、时间成本大幅降低。如实施关检“一站式”查验，实现了作业空间合并、作业时间一致、作业系统并行，场所设施、查验设备等资源共享，全省可节约码头用地8万多平方米，每标箱可减少物流成本600元。
福建自贸区还坚持制度创新与功能培育相结合，新业态、新平台快速发展，自贸区政策效应不断显现。两年多来，大量企业向自贸区聚集。截至2016年底，福建自贸区共新增企业48550户、注册资本9447.72亿元人民币，新增企业数和注册资本是挂牌前的3.15倍和4.25倍。同时，新业态、新平台功能不断提升，中转集拼、整车进口、融资租赁、飞机维修、保税展示交易、跨境电子商务等快速发展，促进了贸易转型升级。
自贸区成立至今，厦门片区已累计开展飞机融资租赁31架、境外融资33亿美元，成为全国第三大飞机融资租赁聚集区。江阴整车进口在全国进口量下降10%的情况下逆势增长，2016年到岸8311辆，是2015年总量的2.14倍，居全国口岸第6位、新批口岸第2位。平潭片区总部经济基地吸引神州租车等37家企业总部或区域总部入驻，累计纳税额近9亿元。
飞速发展的自贸区已经成为带动全省投资和贸易增长的新引擎。福建自贸区挂牌以来新增合同外资143.47亿美元，占全省53.16%。2016年，自贸试验区企业进出口总额达1524.3亿元人民币，同比增长7.87%，高出全省9个百分点。
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