有利的关键证据没加盖公章未被法院采纳
法院认定，凶案现场虽然经过董昀他们三人的伪造和清理，但仍然留下了足以确定李慧、李文浩杀人的物证。凶案现场证明李慧有罪的物证是一件沾有血迹的女式风衣和一只带血的旅游鞋。这两件物证都是李慧的衣物。
山西省高院的二审裁定书引用检验报告的内容，描述送检的这件风衣的血迹分布在衣袖、胸部、口袋等处，这些地方的血迹都可以解释为是在穿着状态下形成的，但是，检验报告最后还提到：“上衣内里背部有62×45厘米血迹浸染形成的痕迹”。这个“上衣内里背部”指的就是衣服的里衬。
山西律师胡晓勇参加了马朝晖被杀案的三次庭审，他在法庭上曾亲眼近距离地观察过这件风衣。
胡晓勇：大量的血迹是在风衣的背部，我当庭就向公诉人和主审的审判长指出来，按照公安的指控，李慧应该是抬过尸体，抱过尸体，那么这个血迹应该是在前面，不可能跑到后面去。
胡律师认为，凶手在杀人后曾经用李慧风衣的里衬擦拭过血迹，这不仅仅是他个人的主观臆断。在案卷中，还有一份抬头写着公安部物证鉴定中心的检验意见印证了胡律师的观点。这份检验意见完成于2004年7月，它比山西省公安厅的物证检验意见书早了一年多。它对血衣的鉴定结论是：“送检上衣的血迹为擦拭作用形成”。同一件衣服的血迹，出现两种互相排斥的鉴定结论，作为被控杀人的李慧一方，他们当然希望这份疑似由公安部物证鉴定中心作出的有利于被告人的鉴定意见能够被法庭采信。但是由于未加盖公章，这份意见书并不产生法律效力，也始终未被法院采用。
在这份没有加盖公章的检验意见书上，标明的送检人是徐运生和翟铭晋。经过打听，记者先后找到了徐运生和翟铭晋。徐运生称，不知道当时为何没出鉴定报告，翟铭晋称，当时他拿不到原件，如果可以他也不想手抄。这份鉴定意见非常关键，它有可能成为被告人申请再审的重要依据之一。那么，公安部物证鉴定中心当年为什么就没有出具一份正式的鉴定意见书呢？公安部物证鉴定中心工作人员解释称，案子未破，在侦查阶段，大量的检验工作都是给侦查提供线索和方向的，有时候很大一部分都是口头意见。
法院认定李慧杀人的另一个物证，就是现场遗留的一只沾有血迹的白色旅游拖鞋。李慧在法庭上只是“确认”这只鞋和那件送检的风衣一样“系其个人衣物”，她并不承认在案发当晚她穿过这两件衣物。但在李文浩做出有罪供述的视频中，称李慧穿着一双白色的坡跟没有后帮的旅游拖鞋。
二审法院正是结合李文浩的口供和物证，最终认定：“现有证据足以证实现场遗留的血衣和鞋子系案发当晚上诉人李慧所穿。”但是，李慧的申诉代理律师认为，这只带血的鞋子在现场呈现的状态让人有些费解。
