如果说徐达下令建城是第一次大规模修筑通州城，那么从正统十四年(1449年)到景泰元年(1450年)，为应对战乱而仓促修建的新城则是第二次修筑通州城。
由于明朝正统年间修建的通州新城是在紧急情况下进行的，新城城墙不及旧城一半高。于是，到了正德六年(1511年)，在巡抚都御史李贡的主持下，开始了对通州城的第三次修筑。
通过三次修筑，通州城规模更加庞大。而此后的重修通惠河，更是提高了通州在漕运中的地位，使通州更加繁华。
元代郭守敬开凿的通惠河，到了元末明初，由于战乱和自然灾害，日渐荒废，鉴于此，巡按直隶监察御史吴仲向嘉靖皇帝建议重修通惠河。疏浚工程于嘉靖七年(1528年)二月四日开工，五月二十二日竣工，历时三个多月。重修后的通惠河在通州境内没有沿用元代的河道，而是利用了金代闸河故道，至通州城北汇入北运河。自此，通惠河河口由张家湾移到通州城的东北。
通州新旧城的合二为一，则是在清代。乾隆三十年(1765年)，总督方观承请朝廷重修通州城，拆掉旧城的西墙，将新城和旧城合二为一。
在历史的故纸堆里，看到了一份绘制于清光绪九年(1883年)的通州城池图。图中的通州依水而建，以北运河、减水河为主的河流围绕在古城四周，古城四周建有城墙，城内建筑带有浓重的漕运风格，众多的衙门均与漕运有关。城北有高耸入云的燃灯塔，正如清代诗人王维珍所描绘的：“云光水色运河秋，满径槐花感旧游，无恙蒲帆新雨后，一支塔影认通州。”至此，明清通州城形制最终被固定下来。
从通州城的变化可以看出，明清通州城的修建和完善与保护通州粮仓有直接关系，也可以说通州因大运河而得名，通州城也因漕运而兴盛。过去，通州地区流传这样的民谣：“通州城，好大的船，燃灯宝塔做桅杆。钟鼓楼的舱，玉带河的缆，铁锚落在张家湾”。
