周叶中指出，香港国安法设置了中央和特区两个层面的维护国家安全机构体系，分别赋予不同的职责职权。香港特区维护国家安全机构负责常规案件的一般管辖，驻港国安公署对特定案件进行直接管辖，二者不存在冲突，有利于更好地维护国家安全。同时，香港国安法关于案件管辖权划分的制度设计，也说明中央充分尊重香港的高度自治。

作为地方行政区域，香港特区在维护国家安全方面的能力和手段是有限的，有“无权管、无力管、管不了”的情形，甚至在一些极端情形下，地方政府自身安全也需要中央政府加以保护。北京航空航天大学副教授田飞龙指出，中央保留对危害国家安全犯罪案件必要的、最后的管辖权，是防止出现因香港特区不履行、无法履行或无力履行职责导致国家安全受损甚至失控的严重后果，确保国家安全在香港安然无虞。但是，由驻港国安公署管辖的案件是极少数，其拥有的管辖权具有支持、督促、补充、兜底的作用。

香港法律界有人称，中央对极少数危害国家安全案件行使管辖权，侵犯了香港特区依据基本法享有的独立的司法权和终审权。专家认为，这种说法完全颠倒黑白、本末倒置。中国是单一制国家，香港是直辖于中央人民政府的特别行政区，其司法管辖权源于全国人大通过香港基本法的授予。基本法第19条规定的香港特别行政区的司法管辖权本身就是有限制的，香港法院除继续保留原有法律制度和原则对法院审判权的限制外，对国防、外交等国家行为无管辖权。

田飞龙指出，明确中央在特定情形下对极少数危害国家安全犯罪案件的管辖权，是适应“一国两制”实践发展的新需要，是对香港特区维护国家安全法律制度的补充和完善。有关规定有利于堵住疏漏，防范、制止和惩治各种危害国家安全犯罪行为，共同构建更加严密的国家安全制度体系，有效维护国家安全。

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