二是前置学历审核把关不严，严重违反招生政策。为收取高额学费，南开大学降低标准，在执行国家招生政策时打折扣，前置学历审核不严，直到2013年才按规定要求学员在报名时提交学历认证报告。经对已获南开大学硕士学位的2750名EMBA学员前置学历进行复核，在2001年后取得前置学历的1320人中，有225人的前置学历未完成认证，其中113人的普通高等学校本专科学历，在中国高等教育学生信息网未能通过查验。
三是教学管理混乱，学位授予审核把关不严。经对2013、2014和2016年度授予学位的学员档案抽查，发现近50%的学员是正式录取前就在EMBA班跟读，其取得的课程成绩和学分在申请学位时得到认可，“先上车后买票”问题严重。此外，南开大学EMBA教育中存在教学档案保存不善、教学过程管理不规范、课程考核不严肃、申请学位审核把关不严等问题。
四是竭力掩盖暴露的严重问题，致使矛盾堆积加剧。南开大学2013年底违规录取未能提供本科学历证书的55名学员后，经过1年多的时间，仍未能及时纠正问题，拖至2015年4月，南开大学EMBA招生考试委员会才认定该55人学历证明虚假无效，决定取消录取资格。但是，南开大学商学院仍企图淡化处理，意图通过其他方式消化解决，一直没有将撤销录取事宜通知学员，直至2016年11月，商学院才与学员沟通退学退费事宜，导致部分学员不接受退费，个别学员要求经济补偿。截至2017年6月，仍有14人不同意退费或仍未取得联系。
五是财务管理不严，学费收取不规范，学费减免随意，违规收支教育经费。南开大学与大量未取得入学资格的EMBA学员签订《关于EMBA预科班学习的协议》，提前收取学费，致使“先上车后买票”问题大面积发生。南开大学商学院通过与第三方单位签订协议，报学校领导及职能部门审批、学校领导口头授意等途径，无统一口径、标准，随意减免EMBA学费，减免人数85人。此外，经抽查，2013年以来，南开大学商学院在EMBA学费使用中存在购买高档酒水等违反中央八项规定精神的情况。
