在启动“双一流”建设工作的三年多来，确实出现过东部强校以此项目获得优势并从中西部高校“引进人才”的现象，也有一些人或部门不顾一切地支持某几所大学提升世界或国内排名的现象，还出现同等条件下因为能否进入“双一流”，当地政府对当地高校采取冷热不均的态度，这些现象都说明“双一流”工程如何实施事实上不只影响到进入名单的高校，而是影响到整个中国高等教育的未来一段时期的整体发展。
既然如此，就应该从中国现有高等教育的整体考虑“双一流”建设的整体设计和各项细节，其中必须坚持的原则是：
整体推进中国高等教育发展，而不是仅仅考虑进入名单的高校。相对于进入名单的高校而言，没有进入名单的高校更多。因此，不能用损伤、挤压其他高校的办法来换取少数高校相应指标和数据增长。中国一流大学唯有在整体高等教育发展水平提高的基础上发展才有可持续性，才有与中国高等教育体量相适合的更多的一流大学产生。高原上的高峰才会更多更高，整体提高了中国高等教育发展水平，才会有更高的平台，让中国更多高校进入世界一流。 试图用急功近利的一枝独秀建高楼的方式也许能让少数高校较快走到前沿，但其成本较高，稳定性可持续性都不会太高，还会损害国内整个高等教育生态。
公平公正对待所有高校，尤其是政府的政策、投入既要打破大锅饭、平均主义，又要保持一碗水端平，不亏待那些发展成效显著或在某一个特殊的专业领域有独特发展的普通高校。尤其要避免“双一流”建设成为新的铁交椅、大锅饭。在高等教育已经进入大众化的现今，财政性教育经费在一定程度上还是要考虑对进入不同高校的不同学生相对公平，特别要发挥“保底”功能，保证家庭经济状况较差的家庭的一代大学生接受高等教育的基本权利， 这也是世界各国公立高校的通行准则。
