颜宁将她在普林斯顿受到的训练带回了清华。在她的课堂上，学生不能只舒舒服服地听着老师讲课、埋头做笔记，而是要经常发言，接受颜宁的提问或者陈述自己的主张。
身为一名体验过国外一流科研体系的海归，颜宁对于国内科学界也有自己的观察与思考。比如一个很奇怪的事情便是，身为女科学家，性别并未让颜宁在实际中感觉受到歧视，反倒是年龄，一再将她挡在了门外。“他们总是说，你还小，等下次吧。有的人今年再不评上，到明年就超过项目规定的年龄限制了，先把机会让给他们。”对此，颜宁很无语。她说，国家针对青年科研人员，专门设置了一些资助计划，本意是为了鼓励年轻人，但实际上，这一年龄限制反倒成了卡人的门槛。招人、项目评奖的时候，本应该只看能力，而不是生理年龄。在美国，考察学术成就看的是从博士毕业到真正成为一名PI（独立研究员）花了多少年，这样就更加合理。此外，她也在力所能及的时候，为改善国内的科研环境做一些事。在去国赴美之时，她并不想多谈这些，但她打算将来有机会把这些想法写出来。
在成长为一名优秀科学家的同时，颜宁也开始关心公共事务。一开始，有人喊颜宁“女科学家”，她只是下意识地反感，喊多了她就开始思考，为何人们在提起科学家时总要强调女性这一性别？慢慢地她发现，身边有很多优秀的女博士在完成学业后都没有继续从事科研。她觉得需要为改变这一局面做点什么，开始在各种场合鼓励女性从事科研。
一次，在学院面试博士生时，一名男同事问一名应试的女生，“你现在到了一定年龄，将来怎样平衡家庭和科研？”颜宁立即插话：“你可以不回答这个问题。这是一个有性别歧视的问题。你们为何从来不问男性如何平衡家庭和工作？”
颜宁一直单身，但对于此类话题，她一概不予回应。在社交网络上保持高调的同时，颜宁也严密地守护着自己的个人世界。一次，在中科院生物物理所的学术报告会上，一位男生站起来提问，“颜老师，请问您每天的作息时间是怎样的？”颜宁当即回答：“关你毛事。”
《中国新闻周刊》记者问颜宁，“你觉得自己跟大众印象里的主流科学家有什么不同？”她又冒出一句神回答：“我不就是主流科学家吗？”
