侦羁分离并保证看守所的中立性，是近年来司法界的共识。
实际上，公安系统内部也认可看守所的中立化操作。公安部门在近些年的实践中，侦羁在系统内部已实现分离，看守所领导须由非主管侦查的副局长担任。
“内部侦羁分离，无法使看守所做到真正意义上的中立。”中国政法大学诉讼法学研究院教授吴宏耀举例说，《看守所条例》第28条已规定了家属通信、会见的权利，但在司法实践中，公安部门基本不会让家属会见。
身为全国政协委员，侯欣一多年向全国政协提交提案，建议将看守所从公安部门分离，转隶给司法行政部门管辖。侯欣一认为，尽管草案在犯罪嫌疑人人权保障、羁押必要性审查以及会见制度等方面吸收了现行刑事诉讼法精神，如不解决归属问题，草案新增权利最后在司法实践中能得到多大层面的执行，需要考量。
多位参与草案讨论会的专家透露，在隶属问题上，各方讨论激烈。
2012年3月8日，时任全国政协社会和法制委员会主任、曾任司法部部长的张福森在讨论《刑事诉讼法》修正案草案时表示，如果“侦羁合一”制度不改，很难完全杜绝冤假错案，建议废除这一制度。此后公安部起草《看守所法》的过程中，对于看守所的管辖问题没有放手。
陈永生对《财经》记者表示，《看守所法》起草工作，应该由人大常委会下属专门法律委员会负责，“由公安部负责起草，难免有部门倾向”。
但公安部监管局相关人士认为，相对监狱，看守所监管更为复杂，公安部门更有经验，且当前公安部门对看守所的职能和定位已经做了较大转变，取得了诸多成绩。
看守所转隶也有前例可循。北京大学法学院教授陈瑞华指出，将看守所转隶司法行政部门，与当年监狱整体从公安机关转由司法行政机关控制一致。此外，目前正在进行的国家监察体制改革，将贪污贿赂和渎职案件的刑事侦查权，整体从检察机关逐步移交监察部门，为看守所转隶提供了现实探索。
草案正在向全社会公开征求意见，众多法学者、律师都在就草案提交意见，建议《看守所法》解决其归属这一前置性问题，实现侦羁分离，摆脱侦羁合一的体制性弊端。
近日，旨在推动证据合法化，关于严格排除非法证据的司法政策出台，司法改革逐步深入执法程序，或为推动看守所制度更大幅度改革提供契机。
